求助加压的NEMD模拟的盒子设置

活性炭

各位老师：用GROMACS跑加压的NEMD模拟的时候，我参考下图所示的盒子，通过对两侧graphene板设置accelerate，同时在两侧graphene外还分别设置了5nm左右的真空层。请问这种情况下可以直接用pbc=xyz来模拟吗？（注：盒子中的分子沿xy方向是周期性的）   还是需要用pbc=xy，同时加上wall来模拟呢？

sobereva

xyz周期性没问题，z方向与镜像的相互作用可以忽略不计。
当前和wall完全没关系，本身石墨烯已经挡住了分子，不需要再用wall来挡什么

活性炭

sobereva 发表于 2023-4-2 04:22
xyz周期性没问题，z方向与镜像的相互作用可以忽略不计。
当前和wall完全没关系，本身石墨烯已经挡住了分子 ...

谢谢您的回复！但是还有些问题，烦请您帮我看下。我跑了20ns，下层的石墨烯板（GRA）没有把下半部分的溶液推上去（体系中的水分子我没有显示），体系的结构图如下图1所示。我把这两个石墨烯板（下层的命名为GRA，上层的是GRB）质心的Z坐标输出了（见下图2-3）。mdp文件的参数如下：
define =
integrator = md      
dt         = 0.001   
nsteps     = 20000000
comm-grps  = system   
energygrps =         
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 1000               
nstenergy = 1000            
nstxout-compressed = 1000   
compressed-x-grps  = system  
;
periodic-molecules = yes  
pbc = xyz                           
cutoff-scheme = Verlet     
coulombtype   = PME  
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = no  
;
Tcoupl  = V-rescale         
tau_t   = 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2
tc_grps = SOL DB NA CL GRA GRB
ref_t   = 298.15 298.15 298.15 298.15 298.15 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  = DB
freezedim   = Y Y Y
constraints = hbonds
; Non-equilibrium MD stuff
acc_grps    = GRA GRB
accelerate  = 0 0 0.1883 0 0 -0.0001


C:\Users\Charles\Desktop\图1-体系结构图.PNG
C:\Users\Charles\Desktop\图2-石墨烯板(GRA)质心的Z坐标变化.png
C:\Users\Charles\Desktop\图3-石墨烯板(GRB)质心的Z坐标变化.png

萌新杨同学

您好，请问您的问题解决了吗？我想请教一下在NEMD模拟时由于对粒子的某个方向施加了加速度，那么该方向的速度会受到人为干扰，那么在控温时改如何考虑这个人为干扰才能合理呢？分组控温可以解决这个问题吗？gromacs控温时可以仅考虑某些方向的自由度吗