求助分子筛结构优化聚成一团怎么办

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-4-10 09:14:00

本帖最后由 yaoyuan0711 于 2023-4-10 11:04 编辑

各位老师好，我用cp2k软件，GFN1-xTB优化一个Na60 Si132 Al60 O384（FAU）分子筛体系，首先固定分子筛骨架，只弛豫60个Na，能够优化成功。

然后放开所有原子，再进行优化，分子筛的骨架就被破坏了，好像都在朝着Na离子的位置聚集？这样的体系该怎么计算才是正确的？
固定骨架优化:

全部放开优化:

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-10 12:50:19

改用DFT再试

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-10 17:13:16

周期性盒子的尺寸确定设置正确了吗？从图上看，盒子最左边的原子似乎离盒子边缘太远，没法和旁边晶胞成键

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-4-11 08:49:27

wzkchem5 发表于 2023-4-10 17:13
周期性盒子的尺寸确定设置正确了吗？从图上看，盒子最左边的原子似乎离盒子边缘太远，没法和旁边晶胞成键

老师您好，这个应该是视角的问题，我换了个角度是没问题的。
另外我也用这个结构结合GFN1-xTB做了全放开的优化（去掉Na离子，电荷设置为-60），也是可以收敛的

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-4-12 08:51:03

sobereva 发表于 2023-4-10 12:50
改用DFT再试

sob老师，我改用PBE/DZVP-MOPOLT-SR-GTH就正常优化了，这是半经验方法相对来说还是太“糙”了？

另外Na的截断能高，改用pob-DZVP-rev2还是6-31G*比较好？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 11:48:19

yaoyuan0711 发表于 2023-4-12 08:51
sob老师，我改用PBE/DZVP-MOPOLT-SR-GTH就正常优化了，这是半经验方法相对来说还是太“糙”了？

另外N ...

GFN-xTB对于有的体系表现得极差，定性错误。所以有问题时都先尝试DFT。GFN-xTB仅在表现正常的时候才能用

原理上专为周期性体系优化的pob-DZVP-rev2更好，6-31G*也能用，通常也没什么问题，但至少性价比基本不可能比pob-DZVP-rev2更好。

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-4-12 17:45:29

sobereva 发表于 2023-4-12 11:48
GFN-xTB对于有的体系表现得极差，定性错误。所以有问题时都先尝试DFT。GFN-xTB仅在表现正常的时候才能用
...

谢谢sob老师！

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