求助纳米金颗粒加入冰水混合物进行能量最小化后跑散的问题

ysrhhhh · 发表于 Post on 2023-4-11 00:22:33

想观察冰水混合物加入纳米金颗粒后结冰的变化情况，目前已经实现纯水的结冰，利用packmol加入Au13团簇，但是在能量最小化之后，产生的em.gro文件发现Au13团簇已经跑散，查看之前相关的帖子，了解到团簇模型不需要键来维持，在合理参数内，可以以LJ势维持团簇状态，说是top文件的问题。这是纯水的模型：

这是加入纳米颗粒和跑散后的模型：

由于加入了Au，所以在力场atomtype.atp下加入了AU 196.96650；在ffnonbonded.itp下加入AU 79 00.00 0.0000 A 2.62904e-01 2.21334e+01；
top文件如下：

em.mdp文件：

不知道是自己有什么地方没处理到，或者以上步骤有问题，麻烦大家指正以下。

em.mdp (532 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

topol.top (1.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

system.gro (360.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-11 12:14:50

具体文件我没时间看，你先看看真空下团簇结构能否维持。
实在不行就把团簇用sobtop产生拓扑文件，自动猜力场参数，使得团簇能维持刚性，然后把合适的LJ参数替换进去

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