求助 RDF分析时设置索引组以及后续分析出现问题

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-4-17 11:06:15

将模拟后的gro文件进行去水处理，使用无水gro文件创建索引组，共计534个原子，xtc文件也是去水处理的，使用下列语句对其进行分析，出现如下报错，轨迹的原子数（534）少于评估所需的原子数
提供的选择（需要索引高达18460的原子），请大家帮我看看
gmx rdf -f fit_nowat.xtc -s md.tpr -ref "name K" -sel "name O2" -b 150000 -e 200000 -n index.ndx -o K-O2.xvg

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-18 00:55:21

你提供的是md.tpr，里面还是原本原子数

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-4-18 08:53:36

sobereva 发表于 2023-4-18 00:55
你提供的是md.tpr，里面还是原本原子数

谢谢sob老师，请问sob老师，md.tpr文件该怎么处理让他原子数能够匹配的上。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-19 04:25:43

Wxy1998 发表于 2023-4-18 08:53
谢谢sob老师，请问sob老师，md.tpr文件该怎么处理让他原子数能够匹配的上。

-s提供.gro文件

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[GROMACS] 求助 RDF分析时设置索引组以及后续分析出现问题