公社群聊Q&A整理：2016.06.16 02 ~ 2016.06.18 00 Concate

liyuanhe211

最近事多，没时间看，可能跟的不够及时。

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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1. 2016.06.16 01:13:37
   
2. Q:
   
3.     老师您好  请教一个问题，我想用Truhlar组的M08-HX这个泛函，但是g09里面没有，而他们的网站http://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm上只有MPW1K等的IOp设置  似乎没有M08-HX的。请问我要怎样才能在gaussian或者qchem里面使用这个泛函呢？
   
4. 
   
5. A:
   
6.     那就没辙了。
   
7.     GAMESS-US里有
   
8. 
   
9. Q:
   
10.     没有办法根据他们文献里面的描述进行IOp设置是吗？
    
11. 
    
12. A:
    
13.     没法
    
14. 
    
15. ----------------------------------------------------
    
16. 2016.06.16 01:27:24
    
17. Q:
    
18.     化学反应路径自动搜索软件GRRM（全称为Global reaction Route Map），有人用过这软件吗？有这种自动搜索路径的靠谱软件？
    
19. 
    
20. A:
    
21.      寻找势能面上全部极小点、过渡态的算法GRRM简介
    
22.     http://sobereva.com/31
    
23. 
    
24. Q:
    
25.      您给的链接不是介绍GRRM的呀
    
26. 
    
27. A:
    
28.     怎么不是
    
29. 
    
30. Q:
    
31.     【链接】寻找势能面上全部极小点、过渡态的方法GRR
    
32.     http://sobereva.com/319
    
33.     少了个9
    
34.     有了这个，做小分子反应的岂不是很幸福，啥都不用搞了
    
35. 
    
36. A:
    
37.     做全维势能面扫描，做小分子反应的岂不是很幸福，极小点、过渡态和IRC都有了[图片]
    
38. 
    
39. ----------------------------------------------------
    
40. 2016.06.16 01:40:03
    
41. Q:
    
42.     请问下谁有packmol安装包
    
43.     谢谢
    
44. 
    
45. A:
    
46.      http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/home.shtml
    
47. 
    
48. ----------------------------------------------------
    
49. 2016.06.16 03:05:26
    
50. Q:
    
51.     md输入内容：
    
52.     [图片]
    
53. 
    
54. A:
    
55.     这么高温度分子本来就会跑散
    
56.     如果你是指组成分子的原子跑散了，dt降到0.001，temp0降到0，tempi降到300再试
    
57. 
    
58. Q:
    
59.     有两个甲基跑出了分子老远
    
60. 
    
61. A:
    
62.     参数按我说的改，如果还这样，说明力场参数有问题
    
63. 
    
64. Q:
    
65.     这次没跑散，也没报错，不过，这样的温度设定是否限制了其越过势能垒，导致总是在某个或某几个势阱徘徊？
    
66. 
    
67. A:
    
68.     可以温度再调高点，逐渐试
    
69.     温度太高，运动速度太快，2fs容易不稳定。现在1fs应该好多乐
    
70. 
    
71. Q:
    
72.     变哪个温度？temp0还是tempi?
    
73. 
    
74. A:
    
75.     temp0
    
76. 
    
77. Q:
    
78.     谢谢sob老师，1fs确实好多了。tempi保持300，temp0逐渐升高，是这个意思吧，我试试
    
79. 
    
80. A:
    
81.     y
    
82. 
    
83. ----------------------------------------------------
    
84. 2016.06.16 04:29:34
    
85. Q:
    
86.     各位前辈好：我用b3lyp/6-31g**计算含有两个茂环和一个羰基的钛配合物，开壳层单重态的能量为-1349.8708，闭壳层单重态的能量为-1349.8704，三重态的能量为-1349.8703，这样开壳层单重态为基态，为其他两个态与基态能量几乎没差别，但是开壳层单重态的LUMO-HOMO为63.6kcal/mol，应该很小才对呀（应为gap小才会有近简并情况）。是不是这样体系不能用b3lyp优化？希望前辈给希望建议
    
87.     而其他两个态与基态能量几乎没差别
    
88.     但是他们的自旋确实不同，应该是三个钛
    
89.     态
    
90. 
    
91. A:
    
92.     B3LYP没问题，你可以看看开壳层单重态的自旋分布
    
93.     开壳层单重态和gap小并没直接关系
    
94. 
    
95. Q:
    
96.     sob老师，您说的是自旋密度吗？
    
97. 
    
98. A:
    
99.     y
    
100. 
     
101. Q:
     
102.     sob老师，如下是自旋密度 Mulliken atomic spin densities:
     
103.     1
     
104.     1  Ti  -0.025787
     
105.     2  O    0.010453
     
106.     3  C    0.012264
     
107.     4  C    0.005356
     
108.     5  C   -0.015162
     
109.     6  C    0.012271
     
110.     7  C    0.005378
     
111.     8  C   -0.015154
     
112.     9  C    0.018626
     
113.     10  H   -0.000821
     
114.     11  H    0.000653
     
115.     12  H   -0.000342
     
116.     13  H   -0.000820
     
117.     14  H    0.000652
     
118.     15  H   -0.000343
     
119.     16  C    0.006830
     
120.     17  C   -0.010958
     
121.     18  C    0.006808
     
122.     19  C   -0.010974
     
123.     20  H   -0.000047
     
124.     21  H    0.000581
     
125.     22  H   -0.000046
     
126.     23  H    0.000582
     
127. 
     
128. A:
     
129.     开壳层单重态本身也没法定义HOMO、LUMO。如果你说闭壳层单重态时候gap小那倒有点理
     
130.     建议你也用BP86算一次看看
     
131. 
     
132. Q:
     
133.     我算的是alfa轨道的GAP
     
134. 
     
135. A:
     
136.     单重态双自由基gap大是很正常的
     
137. 
     
138. Q:
     
139.     sob老师您好！闭壳层单重态的gap也有61.9kcal/mol，这样合理吗？
     
140. 
     
141. A:
     
142.     也不能说不合理
     
143.     本身你的体系双自由基特征也没那么强，自旋极化不是很厉害
     
144. 
     
145. ----------------------------------------------------
     
146. 2016.06.16 04:33:56
     
147. Q:
     
148.      sob老师，我报名了培训班
     
149. 
     
150. A:
     
151.     [表情]
     
152. 
     
153. ----------------------------------------------------
     
154. 2016.06.16 04:58:20
     
155. Q:
     
156.     [图片][图片]？
     
157.     ？？？
     
158. 
     
159. A:
     
160.     不用
     
161. 
     
162. ----------------------------------------------------
     
163. 2016.06.16 04:59:36
     
164. Q:
     
165.      sob老师，请问用gaussian03计算溶剂化能DeltaG (solv)中是否要加命令scfvac？
     
166. 
     
167. A:
     
168.     溶剂下算一次气相下算一次求差
     
169. 
     
170. Q:
     
171.     不能一次性算完么？
     
172. 
     
173. A:
     
174.     不要投机取巧
     
175.     一次算完就自己写个--link1--
     
176. 
     
177. ----------------------------------------------------
     
178. 2016.06.16 05:07:51
     
179. Q:
     
180.     sob老师，您有没有Guassian算例的教程，我刚接触，自己在网上也查了相关教程，可是很乱，不详细，不知道您有没有比较详细的教程之类的？@Sobereva
     
181. 
     
182. A:
     
183.     最好学习途径就是参加7月份的我讲的量化培训班
     
184.     其它方式学，花费的时间起码比这高一个数量级。网上所有相关教程有用的东西加起来也没培训讲的1/3多。
     
185.     想自己找零零碎碎的教程，去群共享的公社专用邮箱索引里面搜
     
186. 
     
187. Q:
     
188.     我是在上海 太远了@Sobereva
     
189. 
     
190. A:
     
191.     有不少从香港、广州那边过来的
     
192. 
     
193. Q:
     
194.     老师暑假的培训班能不能提供电脑？我目前还没有买笔记本
     
195. 
     
196. A:
     
197.     没法提供，可以租或借一个。不带笔记本也问题不大
     
198. 
     
199. Q:
     
200.     租一个得多少钱呀？
     
201.     有见过除了第一作者，后面全是星星的么
     
202. 
     
203. A:
     
204.     我们不统一提供租赁服务
     
205. 
     
206. Q:
     
207.     Sob老师，surface pro性能够不够
     
208. 
     
209. A:
     
210.     对这没兴趣，很鄙视现在微软搞的一切东西
     
211. 
     
212. Q:
     
213.     我是说培训班带这个够不够啊
     
214.     I7版本的
     
215. 
     
216. A:
     
217.     对性能没要求，程序能启动就够了
     
218. 
     
219. ----------------------------------------------------
     
220. 2016.06.16 05:26:15
     
221. Q:
     
222.     见过全都是通讯作者的
     
223. 
     
224. A:
     
225.     [图片]
     
226. 
     
227. ----------------------------------------------------
     
228. 2016.06.16 05:35:00
     
229. Q:
     
230.      有没有现在比较流行的用于gaussian计算和分子动力学模拟(主要MS和AMBER)的小型工作站配置？
     
231. 
     
232. A:
     
233.     2* XEON 2640v3
     
234.     主板X10DRL-i
     
235.     DDR4 64GB
     
236.     2T企业级SATA
     
237. 
     
238. Q:
     
239.      价格？
     
240. 
     
241. A:
     
242.     2640v3，8核2.6，5200每颗
     
243.     X10DRL-i（C612，支持v3，集显） 1950
     
244.     三星DDR4 ECC 16GB*4   600*4
     
245.     希捷 企业级2TB 800
     
246. 
     
247. Q:
     
248.     英特尔E5-2640V3（2.6G 8核）*2   64G内存    500G固态硬盘+2TB SATA企业盘 2U+导轨+600W电源
     
249.     这个是别人给我的，您看呢？
     
250. 
     
251. A:
     
252.     可以
     
253. 
     
254. Q:
     
255.     [图片]你给的这个配置，价格大概多少
     
256. 
     
257. A:
     
258.      [图片]
     
259. 
     
260. ----------------------------------------------------
     
261. 2016.06.16 05:57:03
     
262. Q:
     
263.     求助 大神Wiberg bond indices的原始文献！同时也求助各路大神，跪谢！！！
     
264. 
     
265. A:
     
266.     [图片]
     
267.     定义在脚注
     
268.     [图片]
     
269. 
     
270. Q:
     
271.     找了半天没找到，只能求助了
     
272. 
     
273. ----------------------------------------------------
     
274. 2016.06.16 06:18:33
     
275. Q:
     
276.     !  LANL08d  EMSL  Basis Set Exchange Library   6/15/16 7:15 AM
     
277.     ! Elements                             References
     
278.     ! --------                             ----------
     
279.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: P.J. Hay and W.R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
     
280.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: L.E. Roy, P.J. Hay, and R.L. Martin, J. Chem. Theory Comput. 4, 1029 (2008).
     
281.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: C.E. Check, T.O. Faust, J.M. Bailey, B.J. Wright, T.M. Gilbert and L.S. Sunderlin, J Phys. Chem. A 105, 8111 (2001).
     
282.     !
     
283.    
     
284.    
     
285.    
     
286.     ****
     
287.     I     0
     
288.     S   1   1.00
     
289.     0.7242000              1.0000000
     
290.     S
     
291.     1   1.00
     
292.     0.4653000              1.0000000
     
293.     S   1   1.00
     
294.     0.1336000              1.0000000
     
295.     P   1   1.00
     
296.     1.2900000              1.0000000
     
297.     P   1   1.00
     
298.     0.3180000              1.0000000
     
299.     P   1   1.00
     
300.     0.1053000              1.0000000
     
301.     P   1   1.00
     
302.     0.0308000              1.0000000
     
303.     D   1   1.00
     
304.     0.2940000              1.0000000
     
305.     ****
     
306.     ! Elements                             References
     
307.     ! --------                             ----------
     
308.     ! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
     
309.     ! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
     
310.     ! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299
     
311.     (1985).
     
312.     !
     
313.    
     
314.    
     
315.    
     
316.     I     0
     
317.     I-ECP     3     46
     
318.     f-ul potential
     
319.     5
     
320.     0      1.0715702             -0.0747621
     
321.     1     44.1936028            -30.0811224
     
322.     2     12.9367609            -75.3722721
     
323.     2      3.1956412            -22.0563758
     
324.     2      0.8589806             -1.6979585
     
325.     s-ul potential
     
326.     5
     
327.     0    127.9202670              2.9380036
     
328.     1     78.6211465             41.2471267
     
329.     2     36.5146237            287.8680095
     
330.     2      9.9065681            114.3758506
     
331.     2      1.9420086             37.6547714
     
332.     p-ul potential
     
333.     5
     
334.     0     13.0035304              2.2222630
     
335.     1     76.0331404             39.4090831
     
336.     2     24.1961684
     
337.     !  LANL08d  EMSL  Basis Set Exchange Library   6/15/16 7:15 AM
     
338.     ! Elements                             References
     
339.     ! --------                             ----------
     
340.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: P.J. Hay and W.R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
     
341.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: L.E. Roy, P.J. Hay, and R.L. Martin, J. Chem. Theory Comput. 4, 1029 (2008).
     
342.     ! Si   P   S   Cl   Ge   As   Se   Br   Sn   Sb   Te   I   Pb   Bi: C.E. Check, T.O. Faust, J.M. Bailey, B.J. Wright, T.M. Gilbert and L.S. Sunderlin, J Phys. Chem. A 105, 8111 (2001).
     
343.     !
     
344.    
     
345.    
     
346.    
     
347.     ****
     
348.     I     0
     
349.     S   1   1.00
     
350.     0.7242000              1.0000000
     
351.     S   1   1.00
     
352.     0.4653000              1.0000000
     
353.     S   1   1.00
     
354.     0.1336000              1.0000000
     
355.     P   1   1.00
     
356.     1.2900000              1.0000000
     
357.     P   1   1.00
     
358.     0.3180000              1.0000000
     
359.     P   1   1.00
     
360.     0.1053000              1.0000000
     
361.     P   1   1.00
     
362.     0.0308000              1.0000000
     
363.     D   1   1.00
     
364.     0.2940000              1.0000000
     
365.     ****
     
366.     ! Elements                             References
     
367.     ! --------                             ----------
     
368.     ! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
     
369.     ! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
     
370.     ! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
     
371.     !
     
372.    
     
373.    
     
374.    
     
375.     I     0
     
376.     I-ECP     3     46
     
377.     f-ul potential
     
378.     5
     
379.     0      1.0715702             -0.0747621
     
380.     1     44.1936028            -30.0811224
     
381.     2     12.9367609            -75.3722721
     
382.     2      3.1956412            -22.0563758
     
383.     2      0.8589806             -1.6979585
     
384.     s-ul potential
     
385.     5
     
386.     0    127.9202670              2.9380036
     
387.     1     78.6211465             41.2471267
     
388.     2     36.5146237            287.8680095
     
389.     2      9.9065681            114.3758506
     
390.     2      1.9420086             37.6547714
     
391.     p-ul potential
     
392.     5
     
393.     0     13.0035304              2.2222630
     
394.     1     76.0331404             39.4090831
     
395.     2     24.1961684            177.4075002
     
396.     2      6.4053433             77.9889462
     
397.     2      1.5851786             25.7547641
     
398.     d-ul potential
     
399.     5
     
400.     0     40.4278108              7.0524360
     
401.     1     28.9084375             33.3041635
     
402.     2     15.6268936            186.9453875
     
403.     2      4.1442856             71.9688361
     
404.     2      0.9377235              9.3630657
     
405.      恕我愚钝，我还是没搞清I原子的这个基组是该用前一部分
     
406.     ****
     
407.     I     0
     
408.     S   1   1.00
     
409.     0.7242000              1.0000000
     
410.     S   1   1.00
     
411.     0.4653000              1.0000000
     
412.     S   1   1.00
     
413.     0.1336000              1.0000000
     
414.     P   1   1.00
     
415.     1.2900000              1.0000000
     
416.     P   1   1.00
     
417.     0.3180000              1.0000000
     
418.     P   1   1.00
     
419.     0.1053000              1.0000000
     
420.     P   1   1.00
     
421.     0.0308000              1.0000000
     
422.     D   1   1.00
     
423.     0.2940000              1.0000000
     
424.     ****
     
425.     还是后一部分
     
426.     I     0
     
427.     I-ECP     3     46
     
428.     f-ul potential
     
429.     5
     
430.     0      1.0715702             -0.0747621
     
431.     1     44.1936028            -30.0811224
     
432.     2     12.9367609            -75.3722721
     
433.     2      3.1956412            -22.0563758
     
434.     2      0.8589806             -1.6979585
     
435.     s-ul potential
     
436.     5
     
437.     0    127.9202670              2.9380036
     
438.     1     78.6211465             41.2471267
     
439.     2     36.5146237            287.8680095
     
440.     2      9.9065681            114.3758506
     
441.     2      1.9420086             37.6547714
     
442.     p-ul potential
     
443.     5
     
444.     0     13.0035304              2.2222630
     
445.     1     76.0331404             39.4090831
     
446.     2     24.1961684            177.4075002
     
447.     2      6.4053433             77.9889462
     
448.     2      1.5851786             25.7547641
     
449.     d-ul potential
     
450.     5
     
451.     0     40.4278108              7.0524360
     
452.     1     28.9084375             33.3041635
     
453.     2     15.6268936            186.9453875
     
454.     2      4.1442856             71.9688361
     
455.     2      0.9377235              9.3630657
     
456.    
     
457.     这两部分又是什么关系？
     
458.     177.4075002
     
459.     2      6.4053433             77.9889462
     
460.     2      1.5851786             25.7547641
     
461.     d-ul potential
     
462.     5
     
463.     0     40.4278108              7.0524360
     
464.     1     28.9084375             33.3041635
     
465.     2     15.6268936            186.9453875
     
466.     2      4.1442856             71.9688361
     
467.     2      0.9377235              9.3630657
     
468.      恕我愚钝，我还是没搞清I原子的这个基组是该用前一部分
     
469.     ****
     
470.     I     0
     
471.     S   1   1.00
     
472.     0.7242000              1.0000000
     
473.     S   1   1.00
     
474.     0.4653000              1.0000000
     
475.     S   1   1.00
     
476.     0.1336000              1.0000000
     
477.     P   1   1.
     
478.     00
     
479.     1.2900000              1.0000000
     
480.     P   1   1.00
     
481.     0.3180000              1.0000000
     
482.     P   1   1.00
     
483.     0.1053000              1.0000000
     
484.     P   1   1.00
     
485.     0.0308000              1.0000000
     
486.     D   1   1.00
     
487.     0.2940000              1.0000000
     
488.     ****
     
489.     还是后一部分
     
490.     I     0
     
491.     I-ECP     3     46
     
492.     f-ul potential
     
493.     5
     
494.     0      1.0715702             -0.0747621
     
495.     1     44.1936028            -30.0811224
     
496.     2     12.9367609            -75.3722721
     
497.     2      3.1956412            -22.0563758
     
498.     2      0.8589806             -1.6979585
     
499.     s-ul potential
     
500.     5
     
501.     0    127.9202670              2.9380036
     
502.     1     78.6211465             41.
     
503.     2471267
     
504.     2     36.5146237            287.8680095
     
505.     2      9.9065681            114.3758506
     
506.     2      1.9420086             37.6547714
     
507.     p-ul potential
     
508.     5
     
509.     0     13.0035304              2.2222630
     
510.     1     76.0331404             39.4090831
     
511.     2     24.1961684            177.4075002
     
512.     2      6.4053433             77.9889462
     
513.     2      1.5851786             25.7547641
     
514.     d-ul potential
     
515.     5
     
516.     0     40.4278108              7.0524360
     
517.     1     28.9084375             33.3041635
     
518.     2     15.6268936            186.9453875
     
519.     2      4.1442856             71.9688361
     
520.     2      0.9377235              9.3630657
     
521.    
     
522.     这两部分又是什么关系？
     
523. 
     
524. A:
     
525.     I     0
     
526.     S   1   1.00
     
527.     0.7242000              1.0000000
     
528.     S   1   1.00
     
529.     ...
     
530.     这一堆是赝势基组
     
531.    
     
532.    
     
533.    
     
534.     I     0
     
535.     I-ECP     3     46
     
536.     f-ul potential
     
537.     5
     
538.     0      1.0715702             -0.0747621
     
539.     1     44.1936028            -30.0811224
     
540.     ...
     
541.     这一堆是赝势
     
542.    
     
543.    
     
544.     两个你都得用
     
545.     赝势基组必须结合赝势用
     
546. 
     
547. Q:
     
548.     明白了
     
549.     等我写完给你看
     
550.     其他元素 0
     
551.     其他元素的基组
     
552.     ****
     
553.     I 0
     
554.     I的基组
     
555.    
     
556.     I 0
     
557.     I的赝势
     
558.     ****
     
559.     大概应该是这样，对吧
     
560. 
     
561. A:
     
562.     其他元素 0
     
563.     其他元素的基组
     
564.     ****
     
565.     I 0
     
566.     I的基组
     
567.     ****
     
568.    
     
569.     I 0
     
570.     I的赝势
     
571. 
     
572. Q:
     
573.    
     
574.     坐标
     
575.     空格
     
576.     H C N 0
     
577.     6-31g(d)
     
578.     ****
     
579.     I     0
     
580.     S   1   1.00
     
581.     0.7242000              1.0000000
     
582.     S   1   1.00
     
583.     0.4653000              1.0000000
     
584.     S   1   1.00
     
585.     0.1336000              1.0000000
     
586.     P   1   1.00
     
587.     1.2900000              1.0000000
     
588.     P   1   1.00
     
589.     0.3180000              1.0000000
     
590.     P   1   1.00
     
591.     0.1053000              1.0000000
     
592.     P   1   1.00
     
593.     0.0308000              1.0000000
     
594.     D   1   1.00
     
595.     0.2940000              1.0000000
     
596.     ****
     
597.    
     
598.     I     0
     
599.     I-ECP     3     46
     
600.     f-ul potential
     
601.     5
     
602.     0      1.0715702             -0.0747621
     
603.     1     44.1936028            -30.0811224
     
604.    
     
605.     2     12.9367609            -75.3722721
     
606.     2      3.1956412            -22.0563758
     
607.     2      0.8589806             -1.6979585
     
608.     s-ul potential
     
609.     5
     
610.     0    127.9202670              2.9380036
     
611.     1     78.6211465             41.2471267
     
612.     2     36.5146237            287.8680095
     
613.     2      9.9065681            114.3758506
     
614.     2      1.9420086             37.6547714
     
615.     p-ul potential
     
616.     5
     
617.     0     13.0035304              2.2222630
     
618.     1     76.0331404             39.4090831
     
619.     2     24.1961684            177.4075002
     
620.     2      6.4053433             77.9889462
     
621.     2      1.5851786             25.7547641
     
622.     d-ul potential
     
623.     5
     
624.     0     40.42
     
625.     78108              7.0524360
     
626.     1     28.9084375             33.3041635
     
627.     2     15.6268936            186.9453875
     
628.     2      4.1442856             71.9688361
     
629.     2      0.9377235              9.3630657
     
630.    
     
631.     坐标
     
632.     空格
     
633.     H C N 0
     
634.     6-31g(d)
     
635.     ****
     
636.     I     0
     
637.     S   1   1.00
     
638.     0.7242000              1.0000000
     
639.     S   1   1.00
     
640.     0.4653000              1.0000000
     
641.     S   1   1.00
     
642.     0.1336000              1.0000000
     
643.     P   1   1.00
     
644.     1.2900000              1.0000000
     
645.     P   1   1.00
     
646.     0.3180000              1.0000000
     
647.     P   1   1.00
     
648.     0.1053000              1.0000000
     
649.     P   1   1.00
     
650.     0.0308000              1.0000000
     
651.     D   1   1.00
     
652.     0.2940000              1.0000000
     
653.     ****
     
654.    
     
655.     I     0
     
656.     I-ECP     3     46
     
657.     f-ul potential
     
658.     5
     
659.     0      1.0715702             -0.0747621
     
660.     1     44.1936028            -30.0811224
     
661.     2     12.9367609            -75.3722721
     
662.     2      3.1956412            -22.0563758
     
663.     2      0.8589806             -1.6979585
     
664.     s-ul potential
     
665.     5
     
666.     0    127.9202670              2.9380036
     
667.     1     78.6211465             41.2471267
     
668.     2     36.5146237            287.8680095
     
669.     2      9.9065681            114.3758506
     
670.     2      1.9420086             37.6547714
     
671.     p-ul potential
     
672.     5
     
673.     0     13.0035304              2.2222630
     
674.     1     76.0331404             39.4090831
     
675.     2     24.1961684            177.4075002
     
676.     2      6.4053433             77.9889462
     
677.     2      1.5851786             25.7547641
     
678.     d-ul potential
     
679.     5
     
680.     0     40.4278108              7.0524360
     
681.     1     28.9084375             33.3041635
     
682.     2     15.6268936            186.9453875
     
683.     2      4.1442856             71.9688361
     
684.     2      0.9377235              9.3630657
     
685.     最下面俩空格，哦了不？
     
686. 
     
687. A:
     
688.     对
     
689. 
     
690. Q:
     
691.     突然有个想法，能混合基组，那能不能混合方法啊，呵呵
     
692.     用QM/MM不就混合咯/偷笑
     
693.     不分层
     
694. 
     
695. A:
     
696.     混合方法必须分层
     
697. 
     
698. ----------------------------------------------------
     
699. 2016.06.16 16:47:15
     
700. Q:
     
701.     [图片]请问下mulliken 、CHELPG、npa、Hirshfeld、ADCH电荷分别有什么区别呀？
     
702. 
     
703. A:
     
704.      看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
     
705. 
     
706. ----------------------------------------------------
     
707. 2016.06.16 16:51:01
     
708. Q:
     
709.     请问MP2对应DFT-D中的什么水平呢？@Sobereva
     
710.     有没有M06-2X-D3好呢？
     
711. 
     
712. A:
     
713.     没有
     
714.     一般问题连B3LYP大多情况都不如
     
715. 
     
716. Q:
     
717.     我之前的那个体系，MnCl3与管之间的弱相互作用为主的相互作用能，还是定性错误，我想看看后HF法和DFT-D哪一个好一点
     
718.     基组已经加到了ma-def2-tzvp
     
719. 
     
720. A:
     
721.     DFT-D
     
722. 
     
723. Q:
     
724.     [表情]相较于之前的低水平的DFT_D+低水平基组，已经在小了不少，但是还是定性错误，我该继续增大水平和基组吗？还是考虑用MOPAC的半经验色散校正考察一下？
     
725. 
     
726. A:
     
727.     没必要再增加
     
728.     大抵是计算方式有问题
     
729.     比ma-def2-tzvp再增大纯属浪费时间
     
730. 
     
731. Q:
     
732.     计算方式？先低精度优化，高精度算单点，计算方式该怎么修改呢？
     
733. 
     
734. A:
     
735.     电荷、自旋多重度之类问题
     
736. 
     
737. Q:
     
738.     我修改电荷或者自旋吗？
     
739. 
     
740. A:
     
741.      probably
     
742. 
     
743. ----------------------------------------------------
     
744. 2016.06.16 16:58:47
     
745. Q:
     
746.     [图片]各位大神请看看我linux计算出来的log文件win下的gview打不开哇
     
747. 
     
748. A:
     
749.      log打不开就打开fch
     
750. 
     
751. Q:
     
752.     sob老师，我用fch打开的话我计算的预共振拉曼怎么看结果啊？
     
753.     输出文件里可以看到，但是gview里找不到
     
754. 
     
755. A:
     
756.     尝试改用multiwfn绘制
     
757.     使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
     
758.     http://sobereva.com/224
     
759. 
     
760. Q:
     
761.     其实multiwfn还不太熟，所以才准备参加培训
     
762.     很简单，一个上午让你学会
     
763. 
     
764. A:
     
765.     绘光谱图，一分钟学会
     
766. 
     
767. ----------------------------------------------------
     
768. 2016.06.16 17:21:54
     
769. Q:
     
770.     [图片]
     
771.     请问，实在找不见cu的极化函数怎么弄
     
772.     是有固定值吗
     
773. 
     
774. A:
     
775.     你直接到EMSL上复制Lanl2DZ(f)或Lanl2TZ(f)定义就完了
     
776. 
     
777. Q:
     
778.      老师EMSL在哪里找到啊？
     
779. 
     
780. A:
     
781.     在线基组和赝势数据库一览
     
782.     http://sobereva.com/309
     
783.     详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
     
784.     http://sobereva.com/60
     
785. 
     
786. ----------------------------------------------------
     
787. 2016.06.16 17:29:06
     
788. Q:
     
789.     sob老师，请问SAOP potential是怎么计算得到？
     
790. 
     
791. A:
     
792.      看J. Chem. Phys. 2000, 112, 1344; 2001, 114, 652
     
793. 
     
794. ----------------------------------------------------
     
795. 2016.06.16 17:30:02
     
796. Q:
     
797.     我们有一些同学要参加，请问可以现在报名，7月15现场交现金吗
     
798. 
     
799. A:
     
800.     建议汇款。现金的话培训期间估计给不了发票，得等到培训后再寄发票。如果觉得这样不碍事的话也可以，报名时注明付现金即可。
     
801. 
     
802. ----------------------------------------------------
     
803. 2016.06.16 17:30:49
     
804. Q:
     
805.     M06-2X应引用哪篇lunwen？
     
806.     论文
     
807.     [图片]
     
808.     TCA是吧
     
809. 
     
810. A:
     
811.     Theor Chem Account (2008) 120:215–241
     
812. 
     
813. Q:
     
814.     MBO键级和NPA电荷不引用也问题不大吗？
     
815. 
     
816. A:
     
817.     应当引用
     
818. 
     
819. ----------------------------------------------------
     
820. 2016.06.16 17:30:49
     
821. Q:
     
822.     请教各位老师，基态优化时，收敛标准是下面这样它就输出了，这个结果可靠吗？
     
823.     .--------------------.
     
824.     ----------------------|Geometry convergence|---------------------
     
825.     Item                value                 Tolerance   Converged
     
826.     -----------------------------------------------------------------
     
827.     Energy change       0.00000374            0.00000500      YES
     
828.     RMS gradient        0.00016193            0.00010000      NO
     
829.     MAX gradient        0.00084315            0.00030000      NO
     
830.     RMS step            0.00011906            0.00200000      YES
     
831.     MAX step            0.00059617            0.00400000      YES
     
832.     ....................................................
     
833.     Max(Bonds)      0.0000      Max(Angles)    0.01
     
834.     Max(Dihed)        0.03      Max(Improp)    0.00
     
835.     -----------------------------------------------------------------
     
836.    
     
837.     The step convergence is overachieved with
     
838.     reasonable convergence on the gradient
     
839.     Convergence will therefore be signaled now
     
840.     [图片]
     
841. 
     
842. A:
     
843.     单纯几何优化目的已经足够了
     
844. 
     
845. ----------------------------------------------------
     
846. 2016.06.16 17:44:48
     
847. Q:
     
848.     Gaussian可不可算出分子某个原子的核外电子排布@Sobereva
     
849. 
     
850. A:
     
851.     可
     
852.        
     
853. Q:
     
854.     Gaussian可不可算出分子某个原子的核外电子排布@LiYuanhe
     
855. 
     
856. A:
     
857.     做Mulliken、SCPA或者NPA分析
     
858. 
     
859. Q:
     
860.     Mulliken charges默认就算了，但是这不是电子密度吗，原子的电子排布结果在哪呢@Sobereva
     
861.      [图片]HNbN负离子的极小点是0.13 eV，并且出现在Nb原子附近；C2H4的极小点为9.26 eV在双键的位置。请问可以说明这两种物质发生反应时，Nb与双键相连接吗？
     
862. 
     
863. A:
     
864.     pop=NPA就会输出啊
     
865.     [图片]
     
866.        
     
867. Q:
     
868.     NPA电子排布结果如这样，[core]5S(0.40)4d(9.98)5p(0.35)6p(0.01)，是什么意思@Sobereva
     
869. 
     
870. A:
     
871.     说明不同原子轨道壳层有多少电子
     
872.    
     
873.     字号不要超过12
     
874. 
     
875. ----------------------------------------------------
     
876. 2016.06.16 17:46:18
     
877. Q:
     
878.     老师，我想咨询一下，我柔性扫面二面角，有两个能量极小点，那这两个结构有没有可能都存在呢
     
879. 
     
880. A:
     
881.     可能
     
882. 
     
883. Q:
     
884.     谢谢sob老师
     
885.     都优化了，正在做频率分析
     
886.     我的意思是在现实环境中会不会存在这种情况，怕投稿被质疑
     
887. 
     
888. A:
     
889.     当然可能都存在
     
890.     根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
     
891.     http://sobereva.com/165
     
892. 
     
893. ----------------------------------------------------
     
894. 2016.06.16 17:54:06
     
895. Q:
     
896.     MBO引用Mayer,I. Chem.Phys.Lett. 1983, 97,270
     
897.    
     
898.     NPA引用Reed,A.E.;Weinstock,R.B.;Weinhold,F. J.Chem.Phys.
     
899.     1985, 83, 735.
     
900.    
     
901.     这样吗？
     
902. 
     
903. A:
     
904.      对
     
905.     对
     
906.     对
     
907. 
     
908. Q:
     
909.     请教sob老师 如果我想计算活化能，上面那个只有三项收敛的优化结果，可以直接拿来用吗？
     
910. 
     
911. A:
     
912.     问题不大
     
913. 
     
914. ----------------------------------------------------
     
915. 2016.06.16 18:26:13
     
916. Q:
     
917.      sob老师，请教一个问题。我的一个结构用比b3lyp/6-31g(d)优化收敛，频率分析没有虚频；但拿结果用M062X/def2TZVP优化收敛，但结构变化很大，从原来的反式变到了顺式。结构优化结果是否以高精度的方法为标准？不是说几何优化对方法和基组的敏感性低吗？
     
918. 
     
919. A:
     
920.     用B3LYP优化完的结构作为初猜，M062X优化时减小步长上限
     
921. 
     
922. ----------------------------------------------------
     
923. 2016.06.16 18:38:36
     
924. Q:
     
925.     请问 高斯计算分子尺寸结果中的a0
     
926.     是分子半径还是直径啊
     
927.     求大神解释 之前说过 但我忘了
     
928. 
     
929. A:
     
930.     半径
     
931. 
     
932. ----------------------------------------------------
     
933. 2016.06.16 18:48:07
     
934. Q:
     
935.      sob老师，请问配合物分子CH3COOCu算CHELPG 用HF/3-21g合适吗？
     
936. 
     
937. A:
     
938.      这么点体系用3-21G做什么，起码TZVP
     
939. 
     
940. ----------------------------------------------------
     
941. 2016.06.16 18:51:01
     
942. Q:
     
943.     [图片]请教一下各位老师，rwf文件设置中，设置为0的话是不是意味着rwf文件会保持一定的大小，一直正常计算，谢谢
     
944. 
     
945. A:
     
946.     y
     
947. 
     
948. ----------------------------------------------------
     
949. 2016.06.16 19:20:48
     
950. Q:
     
951.     请问高斯能计算反应速率吗
     
952. 
     
953. A:
     
954.     使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
     
955.     http://sobereva.com/246
     
956. 
     
957. ----------------------------------------------------
     
958. 2016.06.16 19:40:35
     
959. Q:
     
960.     咨询一下sob老师，在做背景电荷的时候，为什么用CHELPG电荷呢？原因是什么，或者有这样的参考文献？因为我怕后面写的时候审稿人问，就想先说一下为什么用CHELPG电荷。谢谢老师。
     
961. 
     
962. A:
     
963.     看群共享《原子电荷计算方法的对比》，拟合静电势电荷对静电势重现性最好，能最充分表现静电相互作用
     
964. 
     
965. ----------------------------------------------------
     
966. 2016.06.16 19:42:19
     
967. Q:
     
968.     请教个gaussian的问题，CCSD（T）和CCSD时，怎么改最大循环步数？我试了scf（maxcycle=200），但是还是每次到默认的最大循环50步就出错误信息，怎么改不了这个50步呢？
     
969.     [图片]
     
970.     input 文件
     
971.     下面是output 文件[图片]
     
972. 
     
973. A:
     
974.     在CCSD里面写maxcyc
     
975.    
     
976.     你这控制的是SCF的，当然不生效
     
977. 
     
978. Q:
     
979.     哦，那么这个output的cycle不是scf的cycle？
     
980.     请问这是什么cycle？
     
981.     一直以为这个是scf呢
     
982. 
     
983. A:
     
984.     CCSD本身也是迭代求解的
     
985.     完全不是一码事
     
986. 
     
987. Q:
     
988.     那我能认为scf每次cycle是update波函数吗，这个ccsd的cycle是update什么？singlet excitation和doublet的excitation的那部分吗？
     
989. 
     
990. A:
     
991.     [图片]
     
992.     SCF迭代解的是LCAO系数，CCSD迭代解的是slater行列式的组合系数
     
993. 
     
994. ----------------------------------------------------
     
995. 2016.06.16 20:05:57
     
996. Q:
     
997.    
     
998.     sob老师，β(-2ω;ω,ω)是SHG形式，那么β(-ω;ω,0)是什么形式呢。
     
999. 
     
1000. A:
      
1001.     dc-Pockels形式
      
1002. 
      
1003. ----------------------------------------------------
      
1004. 2016.06.16 20:22:52
      
1005. Q:
      
1006.     北京科音自然科学研究中心将于2016年7月16日至19日于北京开办“2016北京科音量子化学基础暑期班”，以使得量子化学研究者以最好、最快的方式掌握量子化学应用性研究所需要的各方面理论知识和计算技巧，并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训讲授者为卢天博士（网名Sobereva，北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、Multiwfn程序开发者）。本次培训详情、内容和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/2016SKBQC.html。报名于7月12日截止，人数有限，欢迎踊跃报名并转发消息。
      
1007.     这次和5月份的培训讲的一样吗
      
1008. 
      
1009. A:
      
1010.     通知上有写
      
1011. 
      
1012. Q:
      
1013.     通知说了，是一样的，有些删减，有些改进
      
1014. 
      
1015. A:
      
1016.     本次培训内容与2016年5月举办的第二届北京科音基础量子化学培训班相同，但培训时间比5月份的培训缩短一天，将一些相对小众、重要性不是很高的部分略去不讲，而更突出重点。所用讲义内容和5月份的培训一致，但做了进一步的修订和完善。
      
1017. 
      
1018. Q:
      
1019.      是不是跟梁山一样，按登山先后排座次？
      
1020. 
      
1021. A:
      
1022.     随便坐
      
1023. 
      
1024. Q:
      
1025.     动力学的培训会不会直接连在这个后面呢？
      
1026. 
      
1027. A:
      
1028.     不会
      
1029. 
      
1030. Q:
      
1031.     我们学校出台的新政策原则上也不让学生飞机
      
1032. 
      
1033. A:
      
1034.     高铁、动车也挺好
      
1035. 
      
1036. Q:
      
1037.     原则归原则，实际上具体操作的时候写一个五六十字的说明就可以了
      
1038. 
      
1039. A:
      
1040.     原则就是用来违反的
      
1041.        
      
1042. Q:
      
1043.     第一次去帝都有点紧张啊
      
1044.     。。
      
1045.     帝都夏天干么？我怎么觉着桑拿天那个湿热
      
1046. 
      
1047. A:
      
1048.     时干时湿
      
1049. 
      
1050. Q:
      
1051.      sob老师，到时候培训完了撸串不？[表情]
      
1052. 
      
1053. A:
      
1054.     不
      
1055. 
      
1056. Q:
      
1057.      一起撸
      
1058.     Sob撸串的画面，想象不出来
      
1059. 
      
1060. A:
      
1061.     最后一天讲完了就赶紧回家歇着去了
      
1062. 
      
1063. Q:
      
1064.     撸点串，睡的香
      
1065.     边撸边讲
      
1066.     娃娃太胖，夏天怕热[表情]
      
1067.     [表情]
      
1068.     娃娃怕大伙把他撸吃了
      
1069.     我瘦了很多了
      
1070. 
      
1071. A:
      
1072.     娃娃已经学差不多了
      
1073. 
      
1074. Q:
      
1075.     对了sob老师，资料都会发么？
      
1076. 
      
1077. A:
      
1078.     会
      
1079. 
      
1080. Q:
      
1081.     电子的么
      
1082.     来兰州告诉我
      
1083. 
      
1084. A:
      
1085.     impossible
      
1086.        
      
1087. ----------------------------------------------------
      
1088. 2016.06.16 20:59:11
      
1089. Q:
      
1090.     hcth407这个泛函怎么样？
      
1091. 
      
1092. A:
      
1093.     不怎么样
      
1094. 
      
1095. Q:
      
1096.     哦哦
      
1097.     几乎不怎么用吗
      
1098. 
      
1099. A:
      
1100.     没什么人用，一堆参数，靠使劲拟合参数搞出来的。
      
1101. 
      
1102. Q:
      
1103.     写程序的话，可以用来写的比较好的泛函有哪些？
      
1104. 
      
1105. A:
      
1106.     水平够高都能写出来
      
1107. 
      
1108. Q:
      
1109.     xalpha写出来了，想加上别的
      
1110.     [表情]
      
1111.     我看了一下sob老师你写的关于密度泛函库的博文
      
1112. 
      
1113. A:
      
1114.     建议按顺序写出这些
      
1115.     SVWN->BLYP->PBE->B3LYP->PBE0
      
1116.     有余力再把M06-2X写出来
      
1117. 
      
1118. ----------------------------------------------------
      
1119. 2016.06.16 21:04:16
      
1120. Q:
      
1121.     --------Markdown Markdown--------
      
1122. 
      
1123. A:
      
1124.     --------Markdown Markdown--------
      
1125.     那个...
      
1126. 
      
1127. ----------------------------------------------------
      
1128. 2016.06.16 21:10:29
      
1129. Q:
      
1130.     <i|V_xc|j>，这个东西的计算比较耗时，需要先储存起来吗？貌似这个东西的量不小
      
1131. 
      
1132. A:
      
1133.     存，也不占什么内存
      
1134. 
      
1135. ----------------------------------------------------
      
1136. 2016.06.16 21:21:46
      
1137. Q:
      
1138.      老师  我想请问下packmol里面比如我知道盒子体积3*3*8与浓度1mol/L 加入的钠离子和氯离子数目我知道怎么确定 那如何确定加入的水分子数  谢谢
      
1139. 
      
1140. A:
      
1141.     浓度知道了，离子和水的比例一算就知道了
      
1142. 
      
1143. ----------------------------------------------------
      
1144. 2016.06.16 21:46:53
      
1145. Q:
      
1146.     请问free rotor，harmonic rotor 和 hindered rotor有什么区别？
      
1147.     前两者不是一样地吗?
      
1148. 
      
1149. A:
      
1150.     [图片]
      
1151. 
      
1152. ----------------------------------------------------
      
1153. 2016.06.16 22:37:42
      
1154. Q:
      
1155.     各位，谁有关于高斯计算 exploring chemistry with electronic structure method 这本书里的练习的电子文件啊，网上只找到了这本书，没找到里面练习的com文件。
      
1156. 
      
1157. A:
      
1158.     第二版的
      
1159.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=96&highlight=exploring
      
1160.     第三版的http://expchem3.com
      
1161. 
      
1162. ----------------------------------------------------
      
1163. 2016.06.16 23:00:48
      
1164. Q:
      
1165.     同一输入文件，m06-2x/TZVP 与 B3LYP/6-311+g**优化出的过渡态有根本性不同，都有合理性……哪个更靠谱？
      
1166. 
      
1167. A:
      
1168.     前者
      
1169. 
      
1170. ----------------------------------------------------
      
1171. 2016.06.16 23:55:13
      
1172. Q:
      
1173.     老师：您好！文章中的这个图。[图片]，可以用multiwfn做吗？如果绘制的话，是用哪个部分呢？谢谢··
      
1174. 
      
1175. A:
      
1176.     可以，看手册4.4.6节的例子
      
1177. 
      
1178. Q:
      
1179.     恩 老师，我正在绘制，可是绘制的图线比较细，而且[图片]，用multiwfn只能调等值线的粗细，可是试了一下，好像改不了粗细，只能是颜色
      
1180. 
      
1181. A:
      
1182.     保存出图片就能看到粗细效果了
      
1183. 
      
1184. ----------------------------------------------------
      
1185. 2016.06.16 23:58:05
      
1186. Q:
      
1187.     AIM的分子图？
      
1188.     说起来为什么很少有见做这个图的？
      
1189. 
      
1190. A:
      
1191.     因为你不搞这方面
      
1192.     AIM学习资料和重要文献合集
      
1193.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
      
1194.    
      
1195.     这类图太多了
      
1196. 
      
1197. ----------------------------------------------------
      
1198. 2016.06.16 23:59:33
      
1199. Q:
      
1200.     咨询一下老师，这个ONIOM优化完之后，如何找这个high层的能量？谢谢老师。
      
1201.     ONIOM: gridpoint  1 method:  low   system:  model energy:     0.243576548440
      
1202.     ONIOM: gridpoint  2 method:  high  system:  model energy: -1302.687378502348
      
1203.     ONIOM: gridpoint  3 method:  low   system:  real  energy:     4.127407810362
      
1204.     是这个-1302.687378502348吗？谢谢
      
1205. 
      
1206. A:
      
1207.     model就是指high层区域，有low和high两个级别算的结果
      
1208. 
      
1209. ----------------------------------------------------
      
1210. 2016.06.17 00:20:24
      
1211. Q:
      
1212.     请教各位，[图片][图片]用的txt文件去展锋，但是展完后什么都没有，可以问一下我是哪一步操作错了吗？
      
1213. 
      
1214. A:
      
1215.     输入文件大抵有问题
      
1216. 
      
1217. Q:
      
1218.     [图片]
      
1219.     这样难道不对？
      
1220. 
      
1221. A:
      
1222.     你用-1看看是否正确载入了信息
      
1223. 
      
1224. Q:
      
1225.     好，谢谢老师，我试试
      
1226. 
      
1227. A:
      
1228.     之前忘了提供设定粗细的选项，刚在主页更新了，用最新的3.3.9(dev)版本你用这个选项在设定颜色后就会问你粗细设多少
      
1229. 
      
1230. Q:
      
1231.     老师，是没载入，我是直接将文件拖进去，然后有一个路径，回车进入主页面，我再试试看是哪儿出错了
      
1232. 
      
1233. A:
      
1234.     载入之后选
      
1235.     11
      
1236.     3
      
1237.     0
      
1238.     看到的应该是这样的
      
1239.     [图片]
      
1240. 
      
1241. ----------------------------------------------------
      
1242. 2016.06.17 00:28:50
      
1243. Q:
      
1244.      MPW1B95：31% ； PBE0-1/3：33.33%这两个泛函做激发常用吗？
      
1245. 
      
1246. A:
      
1247.     不常用
      
1248. 
      
1249. Q:
      
1250.     常用的pbe0,pbe38,cam-b3lyp,MO6-2X……是吗
      
1251.     ωB97XD
      
1252. 
      
1253. A:
      
1254.     是0不是O
      
1255.     是
      
1256. 
      
1257. ----------------------------------------------------
      
1258. 2016.06.17 00:31:38
      
1259. Q:
      
1260.     若单体和二聚体的某个原子的NPA电荷变化只有0.009，是否相当于没有发生电子转移？
      
1261. 
      
1262. A:
      
1263.     几乎没转
      
1264. 
      
1265. ----------------------------------------------------
      
1266. 2016.06.17 00:36:15
      
1267. Q:
      
1268.     一直有点疑惑~AIM中的闭壳层作用和我们平时说的闭壳层不是一会事吧？
      
1269. 
      
1270. A:
      
1271.     闭壳层作用就是指非共价作用
      
1272. 
      
1273. ----------------------------------------------------
      
1274. 2016.06.17 00:36:52
      
1275. Q:
      
1276.     [图片]，谢谢老师，我已经成功了，老师，比如我想把几种方法算的数据展在一张图上，我没看到manual上有相关介绍的，是不是得把得到的所有spectrum_curve.txt文件导入到origin去作图？
      
1277. 
      
1278. A:
      
1279.     是
      
1280. 
      
1281. ----------------------------------------------------
      
1282. 2016.06.17 01:18:36
      
1283. Q:
      
1284.     请问分子直径如何计算吧
      
1285. 
      
1286. A:
      
1287.     谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
      
1288.     http://sobereva.com/190
      
1289. 
      
1290. ----------------------------------------------------
      
1291. 2016.06.17 01:37:05
      
1292. Q:
      
1293.      sob老师，请问酱紫的图是用什么软件画的呀
      
1294.     [图片]
      
1295.     就是不知道用了这样的画图软件，在paper里需不需要文献引用
      
1296.     请问是不是acknowledgement里面提一下就好了
      
1297. 
      
1298. A:
      
1299.     不用引
      
1300.     如果你买了chemcraft就引网站
      
1301. 
      
1302. ----------------------------------------------------
      
1303. 2016.06.17 01:39:51
      
1304. Q:
      
1305.      Sob老师请问开壳层体系是不是不能用ALIE分析呢？
      
1306. 
      
1307. A:
      
1308.     开壳层也能用ALIE
      
1309. 
      
1310. ----------------------------------------------------
      
1311. 2016.06.17 02:19:18
      
1312. Q:
      
1313.     [图片]请问这个下面的donor，acceptor以及overlap的图怎么做出来的？
      
1314. 
      
1315. A:
      
1316.     使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
      
1317.     http://sobereva.com/134
      
1318. 
      
1319. ----------------------------------------------------
      
1320. 2016.06.17 02:24:03
      
1321. A:
      
1322.     鉴于经常用人问基组选用的问题，专门写了个博文
      
1323.     http://sobereva.com/336
      
1324.     鉴于经常用人问基组选用的问题，专门写了个博文
      
1325.     http://sobereva.com/336
      
1326. 
      
1327. Q:
      
1328.     顶
      
1329.     里面全是各种高频问题
      
1330. 
      
1331. ----------------------------------------------------
      
1332. 2016.06.17 02:25:36
      
1333. Q:
      
1334.     [图片]
      
1335.     [表情]
      
1336.     我感觉做激发态计算的时候还是跟体系有关，我的研究体系，用TZVP作基组，泛函用了很多种，最后发现B3LYP/TZVP才是与实验值比较相符的组合
      
1337. 
      
1338. A:
      
1339.     泛函选择显然和体系有关，小分子和大共轭体系用的泛函明显不同
      
1340. 
      
1341. ----------------------------------------------------
      
1342. 2016.06.17 02:38:29
      
1343. Q:
      
1344.     bmp多少位色质量最高？
      
1345.     多少色位
      
1346. 
      
1347. A:
      
1348.     24bit
      
1349.        
      
1350. ----------------------------------------------------
      
1351. 2016.06.17 02:38:29
      
1352. Q:
      
1353.     老师，有没有关于能级轨道和电子特征的帖子？就是关于成键轨道和反键轨道
      
1354. 
      
1355. A:
      
1356.     看结构化学
      
1357.        
      
1358. ----------------------------------------------------
      
1359. 2016.06.17 03:32:44
      
1360. Q:
      
1361.     老师，gaussian计算得到的FCHK文件里是不是不包含外场信息呢？比如我现在加了电场，那么加了电场后的FCHK里就没有把相应的外电场信息包含？这样的话，想看加外电场后分子的一些信息，如静电势，就不能得到了？@Sobereva
      
1362. 
      
1363. A:
      
1364.     能得到啊
      
1365.     加了外场时得到的波函数会相应地改变，都体现在fch里了
      
1366. 
      
1367. Q:
      
1368.     老师，既然fchk可以反应外电场信息，那我可以先用加完电场的FCHK在MULTIWFN里画静电势的梯度图，然后用没加电场时的FCHK画静电势的梯度图，最后用前者减去后者，得到的可以说是外电场引起的分子的电场强度的变化吗？（还有，在MULTIWFN里用没加电场和加电场的FCHK去画分子平面电场图，二者是一样的，看不出有差别,这样如何解释呢？）老师，其实我现在就想看外电场下分子电场强度。@Sobereva
      
1369. 
      
1370. A:
      
1371.     说明加的电场太小，从图上看不出显著差异。
      
1372.     你可以先做个密度差图看看
      
1373.        
      
1374. ----------------------------------------------------
      
1375. 2016.06.17 03:54:16
      
1376. Q:
      
1377.     [图片]我也是醉了
      
1378.     又是培训广告
      
1379. 
      
1380. A:
      
1381.     这种培训，交了钱不给发票或给假发票，甚至去了都找不到人都有可能
      
1382.        
      
1383. Q:
      
1384.     [图片]
      
1385.     有些公司的培训竟然开了yy
      
1386.     [图片]
      
1387.     本来还庆幸没收到，结果lammps广告还是发到这里了
      
1388. 
      
1389. A:
      
1390.     人人喊打
      
1391. 
      
1392. Q:
      
1393.     有这个群，不容易上当
      
1394.     难道真是群里出内鬼了
      
1395.     那个培训不靠谱啊?
      
1396.     lammps
      
1397.     [图片]请问各位大神 这个是咋回事啊?谢谢
      
1398.     那个培训不值得去啊?还准备和老板申请去呢?
      
1399. 
      
1400. A:
      
1401.     坑钱的培训，这两天群里都在批
      
1402. 
      
1403. Q:
      
1404.     价格就已经非常坑了
      
1405. 
      
1406. A:
      
1407.     这种山寨味儿这么重的培训一看就不能去
      
1408. 
      
1409. Q:
      
1410.     唉 刚还把邮件转了
      
1411. 
      
1412. A:
      
1413.     赶紧通知他们千万别去
      
1414.     现在有一些骗子混入本群挨个给群成员qq邮箱发坑钱的培训、会议通知，一定不能信
      
1415. 
      
1416. Q:
      
1417.     怪不得垃圾增多
      
1418.     群主可以排除一下
      
1419.     后面加的可能大一些
      
1420. 
      
1421. A:
      
1422.     问题是不知道是谁
      
1423.     揪出来有赏
      
1424. 
      
1425. Q:
      
1426.     1210个人  群主排除  难度有点大啊
      
1427. 
      
1428. A:
      
1429.     1998个人，在线1211个
      
1430. 
      
1431. Q:
      
1432.     看加入时间
      
1433. 
      
1434. A:
      
1435.     从验证信息上看不出来
      
1436.     而且可能已经潜伏了很久了
      
1437. 
      
1438. Q:
      
1439.     后面加入的可能性大一些
      
1440.     我估计不会，他们性急
      
1441.     潜伏不是他们的特征
      
1442.     很狡猾的，故意用查不到的邮箱发
      
1443. 
      
1444. A:
      
1445.     没法查，没证据
      
1446. 
      
1447. Q:
      
1448.     肯定是有计划有组织的
      
1449.     写到群通知上就可以了吧，或者在群共享里面加个‘已认定垃圾培训清单’
      
1450. 
      
1451. A:
      
1452.     群通知字数很有限，还得放科音的培训通知
      
1453.     放群共享里没人看
      
1454.     只要大家相互转告，平时不用qq邮箱的人如果qq邮箱收到培训、会议的信息，一律不能去
      
1455. 
      
1456. Q:
      
1457.     几天前收到了这个
      
1458.     我也收到了
      
1459.     这个收到过好几次
      
1460.     也是骗子
      
1461. 
      
1462. A:
      
1463.     GRRM这个倒不是骗子
      
1464.     不过如果嫌老收到邮件烦可以拒收
      
1465. 
      
1466. Q:
      
1467.     老板刚给申请的所里的
      
1468.     这个没事吧
      
1469. 
      
1470. A:
      
1471.     [图片]
      
1472. 
      
1473. Q:
      
1474.     当然，发邮件前咨询一下群主比较好。
      
1475. 
      
1476. A:
      
1477.     我是极反感也不允许私自给群成员qq邮箱发广告邮件的行为的
      
1478.     即便科音办培训都没给每个群成员发邮件，免得被人嫌扰民
      
1479. 
      
1480. A:
      
1481.     谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
      
1482.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
      
1483. 
      
1484. Q:
      
1485.     哈哈，看了社长义愤填膺的鞭笞骗子的文章。。。科音培训的口碑肯定会越来越好，美誉度肯定也会越来越高，时间会见证。
      
1486. 
      
1487. A:
      
1488.     tks
      
1489. 
      
1490. A:
      
1491.    
      
1492.     鉴于某公司还在不停地往本群群成员的QQ邮箱发坑钱的培训邮件，已成公害，有必要再次发一下这个链接
      
1493.     谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
      
1494.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
      
1495.     此公司的人极有可能潜伏在本群内，获取成员qq邮箱地址，用以大批量发骗钱培训的邮件。若能提供证据揪出此公司的人潜伏在本群内的QQ号，请私信管理员sobereva，核实后奖励100元！
      
1496.    
      
1497.     顺带一提，北京科音自然科学研究中心举办的暑期量子化学培训将在7月16日于北京举行，本人主讲，欢迎参加，详见科音官网www.keinsci.com。
      
1498.     顺便再说一句，本群管理员从没授权过给任何第三方公司往成员QQ邮箱里发宣传邮件的权利！
      
1499.        
      
1500. Q:
      
1501.     [图片]我这邮箱是不是被黑了经常有这些培训的
      
1502. 
      
1503. A:
      
1504.     见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
      
1505.     一些不法分子将本群当成获取科研人员联络方式的渠道进行诈骗
      
1506. 
      
1507. Q:
      
1508.     估计不止本群....
      
1509. 
      
1510. A:
      
1511.     肯定的
      
1512.     本群人数最多、影响力最大，最容易被盯上
      
1513.        
      
1514. ----------------------------------------------------
      
1515. 2016.06.17 03:54:16
      
1516. Q:
      
1517.     http://fcode.cn/
      
1518.     这个网站咋样？
      
1519. 
      
1520. A:
      
1521.     网站不错
      
1522. 
      
1523. ----------------------------------------------------
      
1524. 2016.06.17 03:54:16
      
1525. Q:
      
1526.     [图片] sob老师，这本书主要涵盖了哪些方面的量化呢？是不是从头开始讲（基础班）？
      
1527. 
      
1528. A:
      
1529.      是
      
1530.          
      
1531. ----------------------------------------------------
      
1532. 2016.06.17 04:32:26
      
1533. Q:
      
1534.     [图片]老师，这个图我只想要几个关键的原子标签，有什么方法可以把其他的原子标签隐掉呢@Sobereva
      
1535.     [图片]
      
1536. A:
      
1537.     可以
      
1538. 
      
1539. Q:
      
1540.     老师，选哪个选项啊
      
1541. 
      
1542. A:
      
1543.     [图片]
      
1544. 
      
1545. Q:
      
1546.     这样全部都隐掉了，老师
      
1547.     我只想隐掉部分的
      
1548. 
      
1549. A:
      
1550.     自行ps
      
1551.     后处理菜单有选项关掉标签
      
1552. 
      
1553. ----------------------------------------------------
      
1554. 2016.06.17 05:16:49
      
1555. Q:
      
1556.     请教一下，NBO分析结果中，标出的红色部分是什么意思呀[图片]
      
1557. 
      
1558. A:
      
1559.     看此文http://sobereva.com/97
      
1560.     [图片]
      
1561. 
      
1562. ----------------------------------------------------
      
1563. 2016.06.17 05:21:39
      
1564. Q:
      
1565.     请问杂志投稿的时候要求推荐3个审稿人，找不到怎么办
      
1566.     怎么找
      
1567.     [图片]
      
1568.     -你是说在文献上找3个大牛就可以了吗
      
1569.     就是说在文献上随便找3个就可以了吗
      
1570.     那理由怎么说呢
      
1571.     [图片]就名字和邮箱是必填的
      
1572.     请问sob老师的名字和邮箱在哪，有相关的文献可以搜索吗
      
1573.     谢谢
      
1574.     那sob老师的名字是什么
      
1575. 
      
1576. A:
      
1577.     如果文章用了Multiwfn，可能会收到审稿请求
      
1578.     如果文章没用Multiwfn，我收到审稿请求的可能性比较低
      
1579. 
      
1580. ----------------------------------------------------
      
1581. 2016.06.17 05:28:25
      
1582. Q:
      
1583.     老师，我想问一下计算NBO时，出现l607错误，怎么解决啊 。如果在出现错误的时候已经生成47文件，生成的47文件是否正确呢
      
1584.     [图片]
      
1585.     输入文件是这样的
      
1586. 
      
1587. A:
      
1588.     看报错提示
      
1589. 
      
1590. Q:
      
1591.     [图片]
      
1592.     老师 报错是这样的
      
1593. 
      
1594. A:
      
1595.     有47文件就够了，没问题
      
1596.     用了saveNBO导致的
      
1597. 
      
1598. Q:
      
1599.     老师，那就不用继续修改错误继续计算，是吗？
      
1600. 
      
1601. A:
      
1602.     y
      
1603. 
      
1604. ----------------------------------------------------
      
1605. 2016.06.17 06:02:21
      
1606. Q:
      
1607.     请教一下，轨道成分分析只能看出每个原子所占的比例，除了用chk 或者fchk自己判断具体属于dxy或者fxyz等等，还有什么方法能得到具体属于哪个轨道类型吗
      
1608. 
      
1609. A:
      
1610.     用Multiwfn做轨道成分分析，原子轨道的贡献也能得到
      
1611.     输出信息一目了然
      
1612. 
      
1613. ----------------------------------------------------
      
1614. 2016.06.17 06:07:26
      
1615. Q:
      
1616.     请问一下，用[图片]算出的核磁数据，为什么同一个C上的H的化学位移不一致呢？比如[图片]，C12原子上两个H的位移分别是[图片]，相差的特别多，请问是为什么呢
      
1617.     但是实验测出的峰虽然有分裂，但是化学位移不至于相差到1.6ppm
      
1618. 
      
1619. A:
      
1620.     计算级别严重不合适
      
1621.     B972/pcSseg-1是首选
      
1622.     用什么合适这里写了
      
1623.     简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
      
1624.     http://sobereva.com/272
      
1625.     谈谈量子化学中基组的选择
      
1626.     http://sobereva.com/336
      
1627. 
      
1628. Q:
      
1629.     那也要用这个基组重新优化结构，还是直接可以用这个B972/pcSseg-1基组计算核磁就可以了呢
      
1630. 
      
1631. A:
      
1632.     仔细仔细仔细看完博文你就懂了
      
1633. 
      
1634. ----------------------------------------------------
      
1635. 2016.06.17 06:12:18
      
1636. Q:
      
1637.     http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp1117135麻烦哪位帮我下载一下，谢谢
      
1638. 
      
1639. A:
      
1640.     看群共享里群规，自行用scihub解决
      
1641. 
      
1642. Q:
      
1643.     scihub？
      
1644. 
      
1645. A:
      
1646.     求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
      
1647. 
      
1648. ----------------------------------------------------
      
1649. 2016.06.17 06:19:10
      
1650. Q:
      
1651.     请问gauss可以把化学键的长度标出来吗？
      
1652. 
      
1653. A:
      
1654.      不能直接标图上
      
1655. 
      
1656. ----------------------------------------------------
      
1657. 2016.06.17 06:19:52
      
1658. Q:
      
1659.     老师，我计算的几个过渡态结构，加关键词 int=ultrafine 与不加这个关键词所优化出来的过渡态结构之间的能量差差别很大，我应该怎么处理？
      
1660. 
      
1661. A:
      
1662.     当然用int=ultrafine的
      
1663. 
      
1664. Q:
      
1665.     那就是说，我得把这篇工作里面所有需要计算的结构都在 int=ultrafine 下计算？
      
1666.     但是有几个过渡态结构在我加了这个关键词之后反而出现了多个虚频，怎么破？
      
1667. 
      
1668. A:
      
1669.     那倒无所谓
      
1670.     Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
      
1671.     http://sobereva.com/278
      
1672.     优化用这个算频率也必须用这个
      
1673. 
      
1674. Q:
      
1675.     算频率也需要加上这个关键词？
      
1676.     我的结构优化和频率计算是分开的
      
1677. 
      
1678. A:
      
1679.     显然啊
      
1680.     加不加这个势能面都不一样
      
1681.     [图片]
      
1682.     这种问题培训班全都会讲
      
1683. 
      
1684. Q:
      
1685.     多谢老师提醒
      
1686.     可是对于体系很大的结构，如果结构优化和频率计算一起的时候，计算频率会死掉，所以我都分开计算，为了避免死掉，会在计算频率的时候加上关键词 int=acc2e=11，这样也是不对的吧？
      
1687. 
      
1688. A:
      
1689.     别写这个，没用
      
1690.     分开算的时候freq用的关键词和优化一致就完了
      
1691. 
      
1692. Q:
      
1693.     如何判断一个结构是否需要加上int =ultrafine，我不大可能把所有的结构都在这两种情况下算一遍呀
      
1694. 
      
1695. A:
      
1696.     为保险就都加上
      
1697. 
      
1698. ----------------------------------------------------
      
1699. 2016.06.17 06:41:37
      
1700. Q:
      
1701.     各位老师，请问方法和基组可以随便搭配吗（在查文献后的得到的方法和基组之间）？谢谢，或者说有些方法不能搭配某些基组，有这样的说法吗
      
1702. 
      
1703. A:
      
1704.     谈谈量子化学中基组的选择
      
1705.     http://sobereva.com/336
      
1706. 
      
1707. ----------------------------------------------------
      
1708. 2016.06.17 06:55:44
      
1709. Q:
      
1710.     请问Sob老师 一个问题，基态和激发态优化的结构显示激发态的结构二面角更小，但审稿人提出一般来说激发态的构型更扭曲，这应该怎么解释呢？
      
1711. 
      
1712. A:
      
1713.     反例很多啊，比如联苯
      
1714.     [图片]
      
1715. 
      
1716. Q:
      
1717.      非常感谢，请问是否有相关文献？
      
1718. 
      
1719. A:
      
1720.     Chem. Soc. Rev., 2013, 42, 845--856
      
1721. 
      
1722. ----------------------------------------------------
      
1723. 2016.06.17 07:01:30
      
1724. Q:
      
1725.      [图片][图片]老师 我跑EM时候就显示inconsistent  是不是我的mdp里面算法有问题
      
1726.     top里面也有问题
      
1727. 
      
1728. A:
      
1729.     初始结构不合理、拓扑文件不合理、模拟参数不合理都有可能
      
1730.     和最小化算法本身没关系
      
1731. 
      
1732. ----------------------------------------------------
      
1733. 2016.06.17 07:11:57
      
1734. Q:
      
1735.     请问下，我在linux自己用户下，设置环境变量LD_LIBRARY_PATH后，所有命令都用不了了，显示Segmentation fault。。。请问下我应该怎么解决。因为现在vi都用不了，不能直接修改.bashrc文件
      
1736. 
      
1737. A:
      
1738.     如果你是root，用安装盘进恢复模式后操作
      
1739.     如果不是root，让root给你改
      
1740. 
      
1741. Q:
      
1742.     好的，谢谢
      
1743.     如果，我不是root。。。是不是必要要让root权限的人改啊。。。不然就解决不了
      
1744. 
      
1745. A:
      
1746.     那你试试把.bashrc拷出来，改完了放回去覆盖
      
1747.     比如通过ssh传到windows下
      
1748. 
      
1749. Q:
      
1750.     我试了。。。外部的Filezilla软件都链接不上它了。。。然后我进入root下的其它用户，想把文件copy进去也不行,但可以copy出来。。用scp
      
1751.     用绝对路径运行/usr/bin/vim 试试？
      
1752.     也不行，刚刚试的
      
1753.     或者echo "" >/.bashrc 覆盖掉bashrc
      
1754.     再重写
      
1755.     ~/.bashrc
      
1756.     我也有两次这情况了…
      
1757. 
      
1758. A:
      
1759.     echo都已经把你的.bashrc重写了。你登出再登进来，看看原先命令能用了没
      
1760. 
      
1761. ----------------------------------------------------
      
1762. 2016.06.17 07:14:50
      
1763. Q:
      
1764.     看来我们老板还是很好的，她问我谁讲，我说卢天大神，她说好的去吧，这个我听过。PS.我老板搞光传感的
      
1765. 
      
1766. A:
      
1767.     /微笑
      
1768. 
      
1769. Q:
      
1770.     https://www.icms2016.org/?lang=zh，这个会议应该是正规的吧，有去的么？[表情]
      
1771. 
      
1772. A:
      
1773.      这是正规的，一看网站制作质量就知道
      
1774. 
      
1775. ----------------------------------------------------
      
1776. 2016.06.17 17:05:27
      
1777. Q:
      
1778.     ccsd（t）太吃硬盘了。有什么办法么？
      
1779. 
      
1780. A:
      
1781.      要么尝试DLPNO-CCSD(T)，要么用双杂化代替，要么减小点基组
      
1782. 
      
1783. ----------------------------------------------------
      
1784. 2016.06.17 17:15:45
      
1785. Q:
      
1786.     过渡态几何优化一直不能收敛，加上int=ultrafine scf=verytight后收敛了。算能垒的话是不是也要把反应物加上int=ultrafine scf=verytight重新优化下？
      
1787.     我把收敛后的结构取出，不加int=ultrafine scf=verytight, 结果又收敛不了
      
1788. 
      
1789. A:
      
1790.      /aini int=ultrafine就够了
      
1791.     反应物没必要非得也用ultrafine优化
      
1792. 
      
1793. ----------------------------------------------------
      
1794. 2016.06.17 18:14:39
      
1795. Q:
      
1796.     同志们，请教一个问题，我已经把一个结构的ELF算出来了，保存了它的.cub文件，用什么软件作图比较好看一些？谢谢
      
1797. 
      
1798. A:
      
1799.      VMD或chimera
      
1800.     例
      
1801.     在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
      
1802.     http://sobereva.com/168
      
1803. 
      
1804. ----------------------------------------------------
      
1805. 2016.06.17 18:42:25
      
1806. Q:
      
1807.     想问一下   比较吸附能力强弱的时候  无论在几何数据  还是AIM电子密度上  都是A>B   可是为什么偏偏做BSSE校正算吸附能的时候 出现B>A呢
      
1808. 
      
1809. A:
      
1810.      不考虑BSSE，直接算相互作用能谁大？
      
1811. 
      
1812. Q:
      
1813.     还是A>B
      
1814. 
      
1815. A:
      
1816.     也许没有正确使用counterpoise，或数据读取不对
      
1817. 
      
1818. Q:
      
1819.     [图片]
      
1820.     这是我的输入文件 跟数据   我计算直接有最后优化后的二聚体减去未优化的片段1 2
      
1821.     哦  错了  那个 输入文件多重度 是-1 ，1  -1，1  0，1
      
1822.     上面输入错了
      
1823.     但是结论还是错的
      
1824.     没啊  正负直接1.577啊
      
1825.     我也觉得纳闷  怎么可能吸附那么大
      
1826.     难道是电荷不应该设为-1   而是0 么
      
1827. 
      
1828. A:
      
1829.     甭用counterpoise就完了，省得不熟悉细节还把数据报错了
      
1830.    
      
1831.     这么点体系，索性直接用jul-cc-pVTZ，弥散函数已足够多，此时根本不需要考虑BSSE问题。何况体系又带电荷，静电相互作用占主导，更不需要考虑BSSE。再加上，才B3LYP这么烂的泛函，算出的精度水平根本不配考虑BSSE问题
      
1832.     看
      
1833.    
      
1834.     乱谈DFT-D
      
1835.     http://sobereva.com/83
      
1836.     谈谈量子化学中基组的选择
      
1837.     http://sobereva.com/336
      
1838. 
      
1839. ----------------------------------------------------
      
1840. 2016.06.17 19:17:26
      
1841. Q:
      
1842.     [图片]
      
1843.     [图片]是什么方法？
      
1844.     [图片]
      
1845.     [图片]是不是相当于把这个里面的QCISD换成CCSD?
      
1846.      ,
      
1847.     [图片][图片]是不是相当于把这个里面的QCISD换成CCSD?
      
1848. 
      
1849. A:
      
1850.      这里写了
      
1851.     谈谈量子化学中基组的选择
      
1852.     http://sobereva.com/336
      
1853.     谈谈能量的基组外推
      
1854.     http://sobereva.com/172
      
1855.    
      
1856.     UCCSD(T)就是基于UHF做CCSD(T)
      
1857. 
      
1858. Q:
      
1859.      ，您好！
      
1860.     请问 ,
      
1861.     [图片][图片]是不是相当于把这个里面的QCISD(T)换成CCSD（T）?
      
1862. 
      
1863. A:
      
1864.     显然是
      
1865. 
      
1866. Q:
      
1867.     CCSD（T）和QCISD（T）哪个做单点好一些？
      
1868. 
      
1869. A:
      
1870.     前者
      
1871.     [图片]
      
1872. 
      
1873. Q:
      
1874.     相同的基组用时差不多吧？
      
1875.     好的，知道了，谢谢!
      
1876. 
      
1877. A:
      
1878.     曾经用QCI的人早已纷纷倒戈向CC
      
1879.        
      
1880. ----------------------------------------------------
      
1881. 2016.06.17 19:50:02
      
1882. Q:
      
1883.     [图片]
      
1884.     请问，gaussview这个截面，怎么保存数据啊
      
1885. 
      
1886. A:
      
1887.      如果你要获得平面上每个点的数据，没辙，必须用Multiwfn
      
1888. 
      
1889. ----------------------------------------------------
      
1890. 2016.06.17 20:23:23
      
1891. Q:
      
1892.      如果理论计算跟实验相比，吸收光谱的两个峰，一个红移30nm，一个蓝移30nm，是不是没有什么太好的解决办法？
      
1893. 
      
1894. A:
      
1895.     恩
      
1896. 
      
1897. Q:
      
1898.     30nm的差距是不是很大了？
      
1899. 
      
1900. A:
      
1901.     还行
      
1902.     非得峰位置算那么准其实没必要
      
1903.     光谱曲线形状能对上更重要
      
1904. 
      
1905. Q:
      
1906.     问题是我的这个体系曲线也不太好，我怀疑是优化结构的问题
      
1907.     因为与之相关的一个体系，非常好（给你看过）
      
1908.     [图片]
      
1909. 
      
1910. A:
      
1911.     也很有可能
      
1912. 
      
1913. ----------------------------------------------------
      
1914. 2016.06.17 20:58:15
      
1915. Q:
      
1916.     sob老师，化学反应需要的自由能 是通过这个计算的吧 Thermal correction to Gibbs Free Energy=
      
1917. 
      
1918. A:
      
1919.     看此文第三节
      
1920.     谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
      
1921.     http://sobereva.com/327
      
1922. 
      
1923. ----------------------------------------------------
      
1924. 2016.06.17 21:05:16
      
1925. Q:
      
1926.     [图片]求助一个输入问题：我用6-31g*优化好的结构然后用6-311++g**计算一个单点能量用来最为计算结合能的数值，是不是输入文件这样写就可以了呢？
      
1927.     还是直接拿6-31g*优化还的结构直接再用# b3lyp/6-311++G**这样的形式来计算各单点能量就完事了呢？
      
1928. 
      
1929. A:
      
1930.     不要写opt，用//直接就自动用opt了
      
1931. 
      
1932. ----------------------------------------------------
      
1933. 2016.06.17 21:06:05
      
1934. Q:
      
1935.     sob老师，一个分子含有三个金属，其中两个都是 4 个单电子，另外一个没有单电子，用Gaussian算单点能，多重度指认 9。算完看单电子占据的 8 个轨道， 其中两个轨道是在那个没有单电子的金属附近，这个结果是不是就有问题了？能不能通过片段的方法分别指认多重度解决？或者有没有其他方法？
      
1936. 
      
1937. A:
      
1938.     算出来是什么样就是什么样
      
1939.     最好直接看自旋布居数或者自旋密度而不是看轨道
      
1940. 
      
1941. Q:
      
1942.     out里面自旋密度是不是[图片]这个？
      
1943.     [图片]
      
1944.     [图片]
      
1945.     [图片]
      
1946. 
      
1947. A:
      
1948.     这叫自旋布居
      
1949.     量子化学中的一些常见不良写法和用词
      
1950.     http://sobereva.com/298
      
1951.     虽然高斯可以用片段初猜，但是该是什么样收敛完了还是什么样
      
1952.        
      
1953. ----------------------------------------------------
      
1954. 2016.06.17 21:14:16
      
1955. Q:
      
1956.     //的意思就已经表示用后面的6-31g*优化用6-311++g**计算单点能量了吗？老师
      
1957. 
      
1958. A:
      
1959.     y
      
1960. 
      
1961. ----------------------------------------------------
      
1962. 2016.06.17 21:56:43
      
1963. Q:
      
1964.     高斯com文件：
      
1965.     [图片]
      
1966.     log文件最后：
      
1967.    
      
1968.     体系49个原子。请问这个出错信息说磁盘空间不够，请问该怎么解决呢？
      
1969.     [图片]
      
1970.     组里集群上算的
      
1971.     除了这个原因，还有没有可能是精度高，体系大导致的，能用maxdisk解决吗？
      
1972. 
      
1973. A:
      
1974.     当然可能，算不了就甭愣算
      
1975.     要么用orca
      
1976. 
      
1977. ----------------------------------------------------
      
1978. 2016.06.17 22:26:35
      
1979. Q:
      
1980.     记得群主有篇博文讲硬件配置
      
1981. 
      
1982. A:
      
1983.     单路计算化学攒机配置推荐
      
1984.     http://sobereva.com/243
      
1985. 
      
1986. ----------------------------------------------------
      
1987. 2016.06.17 22:27:16
      
1988. Q:
      
1989.     http://www.sciencedirect.com/science/bookseries/00653276/69
      
1990.     麻烦大家帮我下载一下这篇文献吧
      
1991.     谢谢！
      
1992. 
      
1993. A:
      
1994.     [图片]
      
1995.     自行下载
      
1996. 
      
1997. ----------------------------------------------------
      
1998. 2016.06.17 22:30:31
      
1999. Q:
      
2000.      请问荧光寿命能计算得到吗？
      
2001. 
      
2002. A:
      
2003.     Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
      
2004.     http://sobereva.com/314
      
2005.    
      
2006.     这里写了
      
2007.     培训班里也会讲
      
2008. 
      
2009. Q:
      
2010.     中国量化培训，我只相信sob [表情]
      
2011.     三重态和单重态之间是自旋禁阻的，仅当考虑旋轨耦合时振子强度才不为零，但数值依然很小，所以磷光寿命远比荧光寿命长。
      
2012.    
      
2013.     仅提到这一句荧光寿命
      
2014.     骗子太多，傻子不够用
      
2015.     具体能不能计算？如何计算？
      
2016.     培训班回去参加，但是现在您先给个简要的回答呗
      
2017. 
      
2018. A:
      
2019.     文中给了寿命的公式啊
      
2020. 
      
2021. Q:
      
2022.     呵呵，这样说会让sobereva压力很大的
      
2023. 
      
2024. A:
      
2025.     [图片]
      
2026. 
      
2027. ----------------------------------------------------
      
2028. 2016.06.17 22:51:04
      
2029. Q:
      
2030.     --------Markdown Markdown--------
      
2031. 
      
2032. A:
      
2033.     --------Markdown Markdown--------
      
2034. 
      
2035. Q:
      
2036.     我给大家发一个IRC曲线让大家开开眼
      
2037.     [图片]
      
2038.     CPU时间白费了……
      
2039.     将近29天……
      
2040.     40
      
2041.     stepsize=40
      
2042. 
      
2043. A:
      
2044.     这是粗暴跑IRC，不震荡才怪
      
2045.     步长越小，或精确重算一次Hessian所隔步数越小，IRC曲线月平滑
      
2046. 
      
2047. Q:
      
2048.     默认的stepsize感觉太磨蹭，点过于密了，于是……
      
2049.     嗯，谢sob老师，谢谢楼上各位
      
2050. 
      
2051. A:
      
2052.     关键看走IRC是什么目的，对于确认TS无误的目的，粗暴跑出来，确认是往极小点走就够了
      
2053. 
      
2054. Q:
      
2055.     嗯，老师，我就想确认一下过渡态，是不是连接产物反应物，这么震荡，也无所谓吗
      
2056. 
      
2057. A:
      
2058.     无所谓
      
2059. 
      
2060. Q:
      
2061.     好的。谢谢老师
      
2062.       老兄，你那算法是研究什么的呢
      
2063.     l9999要加noeigentest。几乎总是要加。
      
2064.     判断体系自旋多重度要根据相应结构化学知识
      
2065. 
      
2066. A:
      
2067.     无非又是震荡不收敛
      
2068.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
      
2069.     http://sobereva.com/164
      
2070. 
      
2071. Q:
      
2072.     我在优化过程中出现这个错误，请问可能是什么？
      
2073.     [图片]
      
2074. 
      
2075. A:
      
2076.     Sobereva(190258442)  15:11:26
      
2077.     无非又是震荡不收敛
      
2078.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
      
2079.     http://sobereva.com/164
      
2080. 
      
2081. Q:
      
2082.     那是不是我把步长设长点，可能会收敛？
      
2083. 
      
2084. A:
      
2085.     看完博文再问
      
2086. 
      
2087. ----------------------------------------------------
      
2088. 2016.06.17 23:06:24
      
2089. Q:
      
2090.     遇到了一个问题NO2+CO=NO+CO2反应，找过渡态，opt+freq,总是l9999，无法得到频率信息。试过各种方法都不行。这里NO2有单电子，自旋多重度=2,这么做对吗？谢谢！
      
2091. 
      
2092. A:
      
2093.     无非又是震荡不收敛
      
2094.     量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
      
2095.     http://sobereva.com/164
      
2096. 
      
2097. Q:
      
2098.     好，我再试试，谢谢！
      
2099. 
      
2100. A:
      
2101.     [图片]
      
2102.     很简单就找到了
      
2103. 
      
2104. Q:
      
2105.     有什么好的方法可以判断体系自旋多重度？只能一个个试吗？
      
2106. 
      
2107. A:
      
2108.     自旋多重度就是2
      
2109. 
      
2110. ----------------------------------------------------
      
2111. 2016.06.17 23:19:26
      
2112. Q:
      
2113.     sob老师，G=H - TS  这个H就是H=E + RT 这个E应该是单点加ZPE矫正的能量吧？
      
2114. 
      
2115. A:
      
2116.     H=U+RT
      
2117.    
      
2118.     U是单点能加上内能热校正量
      
2119.     ZPE只是内能热校正量在0K时的值
      
2120. 
      
2121. ----------------------------------------------------
      
2122. 2016.06.17 23:20:40
      
2123. Q:
      
2124.     [图片]
      
2125.     [图片]
      
2126.     请问一下，这种轨道图就是把结构拆开算单点得到的吗？》
      
2127.     [图片]sob, 他每个片段都给出来一个电子的数目,括号里面的值，是怎么搞出来滴？
      
2128. 
      
2129. A:
      
2130.     @ D调 图中根本就没说清楚，不要去纠结
      
2131. 
      
2132. A:
      
2133.     @ D调 就是对两个反应物分别计算分子轨道，然后和到一张图上
      
2134. 
      
2135. Q:
      
2136.     应该不需要优化吧，就把整个分子优化好了以后，拆开算一下单点就好了吧？
      
2137. 
      
2138. A:
      
2139.     结构看不清楚。
      
2140.     应该就是把反应物分子分别优化分别计算单点
      
2141.     图片描述不清
      
2142.     貌似就是个复合物，算的片段电荷得到电荷转移量
      
2143.        
      
2144. ----------------------------------------------------
      
2145. 2016.06.17 23:24:05
      
2146. Q:
      
2147.     Please submit your 3D molecular models in one of the following formats: PDB, PSE or MOL/MOL2.请问图片格式可以转化吗
      
2148. 
      
2149. A:
      
2150.      把分子结构存成这些格式之一提交
      
2151.     一般常用pdb
      
2152. 
      
2153. Q:
      
2154.      sob老师，我的图片格式，可以转为PDB格式吗
      
2155. 
      
2156. A:
      
2157.     不能
      
2158. 
      
2159. ----------------------------------------------------
      

复制代码