纯水单个温敏蛋白体系跑nvt系综1000ns md平衡提交超算出现水分子不可以settled错误

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 17:34:16

本帖最后由 okle666666 于 2023-4-23 18:56 编辑

体系：8*8*8单个温敏蛋白体系在不同温度下模拟基本上每组温度体系都会出错水分子数目16431 TIP3P

过程：先能量最小化然后npt1ns1fs平衡接着mdnvt系综采用2fs1000ns或1fs1000ns

均出现报错：提交最终md任务到超算 16节点512核均出现以下报错超算数据输出补充说明：用8节点256核也会出错这边cpu资源很多，GPU算会出现1天50ns 1000ns要20天而且资源不充分多GPU配合更加排不上队要算很多组温度体系 cpu资源更加充分而不是跑一组测试 GPU好但是不符合我的目前计算资源环境

补充4图2fs 1000ns 2days 16节点512核计算完的数据输出对于速度问题？？

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 17:38:08

有时候1fs反复提交几次直到一次成功算下去

但是这也太难受了

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-4-23 17:53:55

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-23 17:58 编辑

我遇到过类似的情况，在CPU集群上跑崩，在GPU上什么事也没有。

用GPU跑，效率高，CPU留给真正需要的人用，跑个GMX经典MD还吃掉几百个节点，实在是暴殄天物。你这体系用过时GPU比如2080Ti跑，2天多点也跑完1微秒了。

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 17:56:10

Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 17:53
我遇到过类似的情况，在CPU集群上跑崩，在GPU上什么事也没有。

用GPU跑，效率高，CPU留给真正需要的人用 ...

说错了16个节点 512核
你说的gpu我也用过很少出错但是排不上队资源很少这边优先推荐cpu 我们这边cpu用不完

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-4-23 18:01:16

okle666666 发表于 2023-4-23 17:56
说错了16个节点 512核
你说的gpu我也用过很少出错但是排不上队资源很少这边优先推荐cpu 我们这边cpu ...

节点数少用点，5万多原子的体系，边际效应来得很早，节点用多了也不会快很多，徒增不稳定性

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 18:09:21

1fs 16节点512核要3.5days 如果节点更少恐怕计算时间要更久 8节点256核估计要5天起步目前充分多提交几次等算输出稳定了是可以的而且要很多组温度体系计算目前想满足长时间少一些分子数的体系就是为了可以2天左右时间算完这种情况越到很多次了
谢谢你的回答很苦恼这些东西配合计算也许欲速不达

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-4-23 18:14:07

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-23 18:29 编辑

okle666666 发表于 2023-4-23 18:09
1fs 16节点512核要3.5days 如果节点更少恐怕计算时间要更久 8节点256核估计要5天起步目前充分多提交几次 ...

这速度显然不合理，要么GMX编译有问题，要么节点间通信有问题。我用过双路Xeon 6336Y的节点，单节点48核，3个节点速度就超过2080Ti了。

update: 没必要用1fs，2fs足够，你遇到的不稳定靠调小dt没啥用。不过即使dt用1fs，你说的速度也明显不正常，建议先测试1~4个节点的性能，跑10万steps，看看多少ns/day。

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 18:38:30

这个体系 16节点 512核心 5万多的原子体系 48h算完2fs 步数5亿步 1000ns 合理吗

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-4-23 18:47:03

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-23 19:14 编辑

okle666666 发表于 2023-4-23 18:38
这个体系 16节点 512核心 5万多的原子体系 48h算完2fs 步数5亿步 1000ns 合理吗

不知道你的CPU是什么，但是显然不合理，我前面说的双路6336Y节点，3个节点（144核）就能达到接近300ns/d
另外，log里面也已经明确提示了负载不均衡，所以应该尝试用较少节点，比如从1节点开始，直到增加节点数速度基本不增加

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 19:37:01

Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 18:47
不知道你的CPU是什么，但是显然不合理，我前面说的双路6336Y节点，3个节点（144核）就能达到接近300ns/d
...

找到最合适的节点多谢多谢

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-23 23:08:51

6个节点跑，有些组体系也会莫名其妙崩 cpu并行毛病这么多吗就这种简单体系难道还是体系参数设置或者系综选择？

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-24 14:18:39

有人知道后面怎么办可以不出错吗
cpu并行计算

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-24 14:28:54

兄弟们这个体系跑nvt是不是不行这才是关键 npt系综好像不出问题

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-24 14:51:35

Entropy.S.I 发表于 2023-4-23 18:47
不知道你的CPU是什么，但是显然不合理，我前面说的双路6336Y节点，3个节点（144核）就能达到接近300ns/d
...

老师对于温敏蛋白的这种体系要做不同温度下蛋白rg 是不是应该用npt呢目前跑一组npt 1000ns rmsd波动性比nvt系综更大所以很疑惑

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-24 15:27:28

npt系综跑起来波动性比nvt大

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[GROMACS] 纯水单个温敏蛋白体系跑nvt系综1000ns md平衡提交超算出现水分子不可以settled错误

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