ORCA计算时出现Segmentation fault (core dumped)，怎么办？

xiayu1985

orca计算neb-ci时出现Segmentation fault (core dumped)，out文件中没有错误信息，只是停在这个地方了：
106>                          ****END OF INPUT****
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                        Nudged Elastic Band Calculation
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后面什么都没有。
gcc的版本：gcc (Ubuntu 9.4.0-1ubuntu1~20.04.1) 9.4.0
各位大佬，这是什么问题?

wjc404

方便把输入文件传上来吗，或者弄一个可重复这个崩溃的小规模计算的输入文件？

xiayu1985

wjc404 发表于 2023-4-25 11:45
方便把输入文件传上来吗，或者弄一个可重复这个崩溃的小规模计算的输入文件？

已经上传，不知道输入格式写的对不？但是没有提示其他错误。刚开始解除这个软件啊。感谢关注！

wjc404

xiayu1985 发表于 2023-4-25 13:19
已经上传，不知道输入格式写的对不？但是没有提示其他错误。刚开始解除这个软件啊。感谢关注！

这个错误可以重复出来，以下是backtrace。

1. Backtrace:
   
2. /home/wang/orca/liborca_tools_5_0_3.so.5(_Z16ORCA_ReadXYZFilePcR10TGeomInputRiPP7TMatrixIdEb+0x4e6)[0x152d0e5a63f6]
   
3. /home/wang/orca/orca[0x72a09e]
   
4. /home/wang/orca/orca[0x7e9be5]
   
5. /home/wang/orca/orca[0x7e92c8]
   
6. /home/wang/orca/orca[0x476cd8]
   
7. /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3)[0x152d0617b083]
   
8. /home/wang/orca/orca[0x476566]
   

复制代码

从以上backtrace可以看出是在读取final.xyz时出错。社长在http://sobereva.com/477中谈到的XYZ文件结构中，开头需要两行，第一行为总原子数，第二行为注释。我把这两行加上去后再运行ORCA，这个segfault就没有了，不过报了另一个错，说你输入文件中的几何结构第11个原子是H，但final.xyz中给的不是。需要你把反应物和产物几何结构中的原子顺序弄一致了。

xiayu1985

wjc404 发表于 2023-4-25 17:47
这个错误可以重复出来，以下是backtrace。

感谢老师回答。请问我计算的时候为什么没有出现这些信息？如何通过这些信息判断是格式的问题？我已经调整了原子顺序，可以计算了。