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[GROMACS] 求助:力场选择和验证的问题

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老师在课上讲过,可以通过计算介电常数然后与实验值进行比较得到模拟的可靠与否,我想问,可否通过计算物质的单点能,来证明力场的准确性与可靠性;或者不用单点能,就用某种量化计算的值与力场计算的值相比较说明力场的准确可靠。

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发表于 Post on 2023-4-28 01:15:25 | 只看该作者 Only view this author
量化计算上能和力场做对比的,就只有势能面的相关特征,包括由它决定的势垒、极小点和过渡态位置、能量极小路径、动力学行为等。比如量子化学和分子力场都做二面角扫描,可以对比势能曲线的差异。再比如优化几何结构,可以考察结构相差程度。

分子力场和量子化学方法的能量零点截然不同,直接算出来的总能量没法对比。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 21:48:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-28 01:15
量化计算上能和力场做对比的,就只有势能面的相关特征,包括由它决定的势垒、极小点和过渡态位置、能量极小 ...

谢谢sob老师,那就是优化几何结构然后考察RMSD,是不是一定程度上可以证明力场选择的合理性

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发表于 Post on 2023-4-30 03:03:29 | 只看该作者 Only view this author
WuQs 发表于 2023-4-28 21:48
谢谢sob老师,那就是优化几何结构然后考察RMSD,是不是一定程度上可以证明力场选择的合理性

计算量子化学和分子力场分别优化的结构之间的RMSD是验证力场描述单分子合理性的常见做法。但这主要是验证势能面极小点位置,不能体现力常数、势垒、描述分子间相互作用等方面的精度。

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