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[GROMACS] 求助:模拟中丙醛错误自发团聚

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本帖最后由 Nicolas 于 2023-4-28 15:34 编辑

题主在模拟过程中出现和 http://bbs.keinsci.com/thread-21207-1-1.html?response=hyHD 帖子中类似的情况。


题主的体系是二乙胺阳离子(HDEA 蓝色)+乙酸根阴离子(AC 红色)+水 (SOL 青色)+甲醛(FA 黄色)+丙醛(PA 绿色)体系,采用Sobtop获得的GAFF力场参数,水是SPC/E。用Gaussian在B3LYP-D3/def2SVP水平优化后通过Multiwfn获得RESP电荷。在20nsNPT过程中(313.15K 1atm V-R热浴 Berendsen压浴),发现丙醛和甲醛团聚在一起(阴阳离子和水在一起,如下图HDEA+AC+SOL+FA+PA)。对于这一反直觉现象,我进行了如下尝试:1.更换GAFF力场为OPLS-AA力场,结果丙醛和甲醛仍团聚在一起;2.考虑到丙醛沸点48摄氏度,将模拟温度从313.15K变为298K,结果丙醛和甲醛仍团聚在一起;3.将甲醛和丙醛单独加入体系,发现甲醛可以均匀混合(如下图HDEA+AC+SOL+FA),但丙醛仍会团聚(如下图HDEA+AC+SOL+PA);4.将甲醛和水,丙醛和水两个体系单独模拟,发现甲醛会团聚,丙醛也会团聚。想请问各位大佬,对于这种情况下应如何解决,非常感谢!



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HDEA+AC+SOL+FA+PA

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HDEA+AC+SOL+FA

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发表于 Post on 2023-4-29 12:49:45 | 只看该作者 Only view this author
得考虑分子的极性,诸如丙醛整体极性显著低于水,注定没理由能和水混合均匀
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-29 14:13:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-29 12:49
得考虑分子的极性,诸如丙醛整体极性显著低于水,注定没理由能和水混合均匀

感谢社长的回复,丙醛和水确实因为极性的问题不能无限混溶,进而产生丙醛形成单独液相的情况。我明白了,再次对社长的回复表示感谢!

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发表于 Post on 2023-5-18 00:58:04 | 只看该作者 Only view this author
不能无限混溶的是不是都有这个问题,我用的丙酮也跟水相分离。

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