求助，GROMACS电解质水溶液模拟报错

chenchen1

在按照模拟NH4+、NO3-、SO42- 电解质水溶液时，体系发生报错，请问各位老师是哪个步骤出了问题。


以下是模拟过程

拟打算参考sob老师在sobtop网站上的说法，将阴阳离子作为一对插入。

在模拟过程中，构建NH4NO3和的gro文件如下

运行

1. gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci NH4NO3.gro -o temp.gro -nmol 10
   
2.   gmx insert-molecules -f temp.gro -ci NH4SO4.gro -o temp.gro -nmol 5
   
3.   gmx solvate -cp temp.gro -o electrolyte.gro
   

复制代码

并修改top文件中[ molecules ]字段
em.mdp文件

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2023-4-28 16:10 上传 Uploaded

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em.mdp

sobereva

NH4+、NO3-、SO42-都单独插入就完了。你算的是水溶液，情况和离子液体完全不同