请问计算MMPB(GB)SA的结果中，为什么THR侧链会有静电力贡献？

lauowan · 发表于 Post on 2023-4-29 13:26:30

本帖最后由 lauowan 于 2023-4-29 13:31 编辑

请问各位老师，我在用amber运行了100ns的动力学模拟之后，选择了比较平稳的1000帧（间隔10）用MMPB/(GB)SA计算结合能，将贡献 < -3 kcal / mol 的项提取出来，发现如图中的R THR 6和R ALA 7也有不小的静电力贡献，但是按理来说THR侧链都不带电怎么会有静电力贡献呢？一开始我以为是主链贡献的静电力，但是主链和侧链的能量分解显示它们贡献了数值相当的静电作用，也就是说侧链还是有不小的静电力贡献。所以这部分静电贡献是从何而来呢，是因为amber把hbond也考虑到electrostatic里面了？（如果如此的话，R ALA 7的静电力贡献也不小，它的侧链和主链各贡献了-0.9和-3.8 kcal / mol的静电作用）还是说我的计算过程出错了？

图1：PB方法的各项能量分解（图中未显示internal和non-polar solv，因为这两项都为0）

图2，3：侧链和主链能量分解

k64_cc · 发表于 Post on 2023-4-29 14:00:49

你看这问的都是啥呀……

侧链每个原子的电荷是0吗？不是的话为什么不能有静电力贡献？

lauowan · 发表于 Post on 2023-4-29 15:41:44

k64_cc 发表于 2023-4-29 14:00
你看这问的都是啥呀……

侧链每个原子的电荷是0吗？不是的话为什么不能有静电力贡献？

抱歉老师，我的化学学的很糟糕，搞混了离子相互作用和静电相互作用。但是静电相互作用是极性分子的偶极之间的相互作用，如ALA侧链这样的非极性侧链，为什么也有静电相互作用呢？

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