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[综合交流] 下面是我做了一个硼酸的水解机理,有一些问题,想请教一下公社里老师

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我是在# 6-311g**  opt=(modredundant,maxcycle=200,gdiis) scrf=(solvent=water)  iop(1/7=1200) M062x下原子12和13原理这样的方法扫出能量最高转折点,但是经过# M062x/6-311g**  opt=(ts,calcfc,noeigentest,gdiis) freq=noraman scrf=(solvent=water)  iop(1/7=1200)计算后发现不是我想要的过渡态,也一直找不到,想请教老师这种水解机理怎么找过渡态和计算,希望老师在万忙中看到的后回复,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-17 20:20:41 | 只看该作者 Only view this author
这个是反应式

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发表于 Post on 2023-5-18 00:29:48 | 只看该作者 Only view this author
当前结构连过渡态的基本样子都没有,都没有即将形成/断裂的键,能优化到过渡态就怪了

随便举个像样的过渡态的例子




多搜点硼酸衍生物水解相关文献,肯定早就有文章算过,看人家的过渡态长什么样

甭写多余的noraman,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-5-18 06:44:28 | 只看该作者 Only view this author

你想得到的过渡态,是个单步反应的过渡态,所以这里应该是协同反应,如同社长给的例子。但是你给的反应式,按其箭头,应该是个能垒更高的SN1反应,其第一步是大分子的异裂,水分子不直接参与,你那样摆放肯定有干扰。所以尽管你按照那个反应式来摆原子,摆出的并不是那个反应式的过渡态。

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发表于 Post on 2023-5-18 10:37:58 | 只看该作者 Only view this author

这可能不是一步基元反应完成的

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6#
发表于 Post on 2023-5-18 18:34:35 | 只看该作者 Only view this author
反应式里的催化剂H+为什么没有体现?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:36:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 00:29
当前结构连过渡态的基本样子都没有,都没有即将形成/断裂的键,能优化到过渡态就怪了

随便举个像样的过 ...

好的,谢谢老师点醒
,我已经找到了,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:37:23 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2023-5-18 06:44
你想得到的过渡态,是个单步反应的过渡态,所以这里应该是协同反应,如同社长给的例子。但是你给的反应式 ...

我已经找到了,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:38:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-18 18:34
反应式里的催化剂H+为什么没有体现?

怎么体现带酸性H+,想请教老师解答一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:38:55 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2023-5-18 10:37
这可能不是一步基元反应完成的

好的,谢谢提醒

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 15:44:40 | 只看该作者 Only view this author
18208408959 发表于 2023-5-19 15:37
我已经找到了,谢谢老师

我是在体系中加个水分子然后让氧硼键断开,水接在硼原子上,最后出现水分子的氢转移到苯环上的氧

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发表于 Post on 2023-5-19 16:18:17 | 只看该作者 Only view this author
18208408959 发表于 2023-5-19 08:38
怎么体现带酸性H+,想请教老师解答一下

自己随便找一些酸催化反应的计算文献,看看文献是怎么算的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-22 09:32:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-19 16:18
自己随便找一些酸催化反应的计算文献,看看文献是怎么算的

好的,谢谢

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