[GROMACS] 求助：计算蛋白某部分的RMSD，为什么计算值都是 -nan?

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灵芝5

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发表于 Post on 2023-5-18 16:47:45 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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您好！
我在计算一个膜蛋白N端25-36残基的RMSD，用的gromacs软件的gmx_mpi rms -s ../all_newbox.pdb -f ../fit3-pro.xtc -o apo10-1-n-rmsd.xvg -n rmsd.ndx -tu ns -dt 1 -e 500指令；

但是计算的值都为-nan,请问这是因为什么？怎么调整可以计算出正确的RMSD值？

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