计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1390|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] charmm力场包toppar_c36_jul22中stream文件夹中有些分子的力场缺少参数文件?

[复制链接 Copy URL]

78

帖子

0

威望

257

eV
积分
335

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 xiayu1985 于 2023-5-18 22:50 编辑

toppar_c36_jul22文件夹中的steam/na中的力场文件缺少必要的参数。看了一下有些分子类型的文件是既有top文件,又有par参数。na文件下的toppar_all36_na_nad_ppi.str就没有键长,键角等势函数对应的参数,还有该文件下MASS 项很多原子类型的原子量为啥缺失啊。有知道原因的大佬吗?压缩包里是stream/na文件夹下的top(.str)文件。

na.rar

327.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

78

帖子

0

威望

257

eV
积分
335

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-19 22:31:20 | 只看该作者 Only view this author
自己搞清楚了,toppar文件的注释部分说了要提前读一下两个文件:
!Parent files that have to be read prior to streaming this file
!top_all36_na.rtf
!par_all36_na.prm
需要的信息是在这两个文件。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 18:18 , Processed in 0.664214 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list