对不同轨迹进行PCA分析时如何选择参考结构？

sxwen

大家好：
我有四个蛋白-核酸-蛋白复合体系，姑且称其为A，B，C，D，其中A是作为空白参照(ABCD的蛋白-核酸是一样的)，模拟的目的是为了研究当不同小蛋白结合在大蛋白时大蛋白的结构变化等。因此，我使用Amber cpptraj做了PCA分析，但是今天再次查阅文献(图1)的时候发现自己做的分析可能出现了错误，做了比对但是ABCD是独立做的PCA分析，看了文献，我不明白他们是如何确定的参考结构。以A为参照体系的话，可以直接用A补全以后的晶体结构作为参考结构吗？如果以A的晶体结构作为参考结构的话，针对A体系的PCA分析还有必要做吗？如果不能以A的晶体结构作为参考结构的话，我该如何选择参考结构呢？