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[GROMACS] 求助,体系的总电荷不为零

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在做NVT模拟时,体系的总电荷不为0,请问这个警告可以忽略吗?

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发表于 Post on 2023-5-31 00:03:13 | 只看该作者 Only view this author
小数点后两位不为0,可能是力场参数中的电荷量不对,不能忽略

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发表于 Post on 2023-5-31 03:43:44 | 只看该作者 Only view this author
明显不能忽略。
建议按下文计算1.2*CM5原子电荷,最适合OPLS-AA。Multiwfn输出的原子电荷位数很多,能确保加准确为0
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-31 13:54:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-31 03:43
明显不能忽略。
建议按下文计算1.2*CM5原子电荷,最适合OPLS-AA。Multiwfn输出的原子电荷位数很多,能确保 ...

老师,我的itp文件中正负电荷只相差0.0002,我平均一下补充上去可以吗?

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发表于 Post on 2023-6-1 03:44:43 | 只看该作者 Only view this author
wjx2022 发表于 2023-5-31 13:54
老师,我的itp文件中正负电荷只相差0.0002,我平均一下补充上去可以吗?

语义不明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-6-1 08:38:43 | 只看该作者 Only view this author
wjx2022 发表于 2023-5-31 13:54
老师,我的itp文件中正负电荷只相差0.0002,我平均一下补充上去可以吗?

这种很可能是数值误差引起的,找个电荷较大的原子,手动改一改就行。

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