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[GROMACS] 求助:ligpargen服务器识别MS的pdb文件生成top时报错

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我用ms建立了一个聚合物的模型,导出pdb文件(总原子数只有153个),想用ligpargen生成top文件,但总是报错,无法生成。之后尝试了导出mol文件,ligpargen还是会报错,这是什么原因?如何解决呢?

202305301934562717..png (426.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

mol文件报错的截图

mol文件报错的截图

202305301926381929..png (452.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

pdb报错的截图

pdb报错的截图

202305301925416865..png (46.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 2023-5-31 03:36:01 | 只看该作者 Only view this author
程序bug。尝试联系作者,或者用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)生成
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-31 13:27:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-31 03:36
程序bug。尝试联系作者,或者用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)生成

我要用的是oplsaa力场的,这个也可以用吗?
还有你说的联系作者是指?联系ligpargen服务器的作者吗?

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发表于 Post on 2023-6-1 00:37:40 | 只看该作者 Only view this author
用AuToFF吧,https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom,你甚至可以直接代替MS的聚合物建模。

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发表于 Post on 2023-6-1 03:43:59 | 只看该作者 Only view this author
dooooo 发表于 2023-5-31 13:27
我要用的是oplsaa力场的,这个也可以用吗?
还有你说的联系作者是指?联系ligpargen服务器的作者吗?

显然是ligpargen的作者

sobtop构建的基于GAFF的拓扑文件模拟聚合物没有丝毫问题,我看不出有任何理由非用OPLS-AA不可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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