以Rh为催化剂材料MD模拟反应过程适用OT方法吗

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-5-30 20:28:59

本帖最后由 Tiwmdh 于 2023-6-1 10:11 编辑

如题，用AIMD过程模拟在Rh表面上的反应，用DIAGONALIZATION方法（加上K点）计算速度很慢，尤其是将timestep设置为0.2，成本有点难以接受，可以用OT算法吗？
基础结构是84个Rh原子，用DIAGONALIZATION方法时19.5s一步，用OT算法时4.7s一步

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-31 03:31:16

此体系原理上需要smearing，没法用OT

另外我看不明白你的体系结构是怎么回事，既然是表面，怎么当成了簇来计算。以当前的盒子参数，此“表面”根本不具备周期性，此模型也无法代表表面。

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-5-31 08:01:24

本帖最后由 Tiwmdh 于 2023-5-31 08:12 编辑

sobereva 发表于 2023-5-31 03:31
此体系原理上需要smearing，没法用OT

另外我看不明白你的体系结构是怎么回事，既然是表面，怎么当成了簇 ...

在X方向是平铺的，在Y方向是锯齿状的重复台阶构成，主要研究的是台阶处的反应活性，XY方向上盒子尺寸略大于晶胞尺寸，不超过0.01埃，这种Y方向的不对称会影响吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-1 03:42:01

Tiwmdh 发表于 2023-5-31 08:01
在X方向是平铺的，在Y方向是锯齿状的重复台阶构成，主要研究的是台阶处的反应活性，XY方向上盒子尺寸略大 ...

语义不明
这哪叫0.01埃，明明盒子边界离团簇那么远

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-6-1 10:10:08

本帖最后由 Tiwmdh 于 2023-6-1 10:41 编辑

sobereva 发表于 2023-6-1 03:42
语义不明
这哪叫0.01埃，明明盒子边界离团簇那么远

对不起对不起，文件上传错了，XYZ方向的盒子是10.88 13.34 37.67，我改一下初始文件

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