[NAMD] NAMD的配置文件(.conf)文件中cellBasisVector1和cellOrigin如何确定？

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xiayu1985

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发表于 Post on 2023-5-31 21:45:06 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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.conf文件中有三个vector，cellBasisVector1，cellBasisVector2，cellBasisVecto3这三个数值是如何得到的？namd tutorial中说通过命令measure minmax $pdb得到min，max两组数值，但是我发现tutorial中的cellorigin的数值并不精确的等于（min+max）/2，为什么？这儿不解的还有两个问题，min,max两组数据指什么，有什么意义？cellorigin的数值指什么？有何意义？

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