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[Gaussian/gview] 求助一个小分子计算出来的ECD光谱和实验测得ECD光谱有很大差别

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在计算一个小分子的ECD时,计算出来的ECD光谱和实验测得ECD光谱有很大差别,但不知道哪里有问题,请大家帮我看一下

111.png (12.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

需要计算的分子

需要计算的分子

屏幕截图 2023-06-01 165010.png (32.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

molclus粗略的构象分布

molclus粗略的构象分布

222.png (82.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

实验光谱

实验光谱

333.png (36.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

这个是各个构象权重后ECD光谱和实验的比较

这个是各个构象权重后ECD光谱和实验的比较

template.gjf

108 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

molclus里的输入文件

comp4-1-ECD.gjf.txt

1.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

其中一个优化好的结构计算ECD时的输入文件

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发表于 Post on 2023-6-1 20:51:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-6-1 14:26 编辑

200-230nm实验没有峰可能是因为实验仪器问题,如果绝大部分光被溶质或溶剂吸收,可能因为检测器信噪比有限,本来有CD信号的区域会测出几乎没有CD信号。我算过有的体系在溶剂截止波长以下有峰,但实验是像你这样的信号接近0且噪音很大。
排除实验问题后,剩下的问题就是你的计算最好加弥散函数,因为高激发态有Rydberg成分;最好尝试一下范围分离泛函,因为你的共轭体系可能有电荷转移激发;再者就是考虑做显式溶剂化。另外这个分子可能有tautomer,就是烯醇羟基氢电离下来以后接到羰基氧上的结构,如果没有考虑的话可以考虑一下试试
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-1 22:12:05 | 只看该作者 Only view this author
感谢老师,这是我刚刚修改的输入文件,可以帮忙看下吗,因为范围分离泛函的知识不是很懂。如果这次模拟的还不是很好的话,我再考虑一下互变异构体的情况。

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发表于 Post on 2023-6-1 23:18:24 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ECD光谱模拟” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-6-2 00:04:49 | 只看该作者 Only view this author
hzsHZS 发表于 2023-6-1 15:12
感谢老师,这是我刚刚修改的输入文件,可以帮忙看下吗,因为范围分离泛函的知识不是很懂。如果这次模拟的还 ...

我不知道高斯是否支持LC-wPBE的色散校正,如果不支持的话去掉em=gd3bj(本来色散校正对激发能也没有影响,没必要加,但假如程序支持这个泛函的色散校正,那么加了也不算错)。其他应该没问题
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-6-2 05:44:27 | 只看该作者 Only view this author
单独用lc-wPBE而不做w调控的话通常也没什么好处,建议先考虑CAM-B3LYP
另外,每个主要构象的ECD应当分别贴出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-2 09:47:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-2 00:04
我不知道高斯是否支持LC-wPBE的色散校正,如果不支持的话去掉em=gd3bj(本来色散校正对激发能也没有影响 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-2 09:48:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-1 23:18
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,sob老师,下次注意

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