[其它程序] 求助，plumed的metad计算出来的DNA的一个base翻转的自由能太大

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发表于 Post on 2023-6-3 18:14:41 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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在计算DNA的一个base翻转的自由能面，但是得到的自由能图像虽然形状没啥问题，但是自由能数值很离谱，有几千kj/mol，请问这是问什么？
metad的参数为：反应坐标为翻转角度，高斯势累加的频率是500 step，高度为 2 kj/mol, sigma为 0.2，grid从 -pi 到 pi 。
目前模拟了25ns，下图是翻转角度和base pair间距的散点图

下面是sum_hill之后的自由能面

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