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[综合交流] 求助分子动力学之后分析的径向分布函数只有上升的趋势

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请问各位老师,我这个分子动力学之后分析的径向分布函数只有上升的趋势,我看文献里面都是有下降的部分,这是出什么问题了呀
附,参考文献:

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Ji 等 - 2022 - Investigation on the control effect of benzotriazo.pdf

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发表于 Post on 2023-6-6 16:14:34 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “径向分布函数绘制” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-6-7 13:24:35 | 只看该作者 Only view this author
取决于具体怎么统计的。
应当只考虑距离N最近的Co。否则随着r增大,距离N的球层内Co原子越来越多,显然这样的rdf没法说明问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 19:48:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-6 16:14
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的sobereva老师,我以后发帖的时候一定注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 19:54:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 沉淀淀 于 2023-6-19 19:56 编辑
sobereva 发表于 2023-6-7 13:24
取决于具体怎么统计的。
应当只考虑距离N最近的Co。否则随着r增大,距离N的球层内Co原子越来越多,显然这 ...

老师,还有一个就是我的MD模拟的结果,那些缓蚀剂分子距离Co层都很远,没有像文献一样吸附在Co的表面,是怎么回事呀,就是很多帧大概是这个样子的,而文献中最后一帧都是停留在Co的表面

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发表于 Post on 2023-6-19 20:55:39 | 只看该作者 Only view this author
沉淀淀 发表于 2023-6-19 19:54
老师,还有一个就是我的MD模拟的结果,那些缓蚀剂分子距离Co层都很远,没有像文献一样吸附在Co的表面,是 ...

力场参数、模拟设置、初始结构等差异都可能导致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-23 20:51:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-7 13:24
取决于具体怎么统计的。
应当只考虑距离N最近的Co。否则随着r增大,距离N的球层内Co原子越来越多,显然这 ...

老师,请问一下那个距离N最近的Co怎么选择呀,是第一层中间的Co嘛

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