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[新手求助] 寻找羟基自由基进攻硫硫键的过渡态

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本帖最后由 听风有信 于 2023-6-17 14:10 编辑

寻找羟基自由基进攻硫硫键的过渡态,首先通过扫描让自由基靠近硫原子,找到能量最高的距离,然后以此作为初猜结构寻找过渡态,过渡态成功输出,但是输出结果羟基自由基始终没进攻硫硫键。




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发表于 Post on 2023-6-17 11:29:13 | 只看该作者 Only view this author
别让别人猜你遇到了什么你所谓的报错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-17 14:15:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-17 11:29
别让别人猜你遇到了什么你所谓的报错

好的老师

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发表于 Post on 2023-6-17 17:29:08 | 只看该作者 Only view this author
扫描最高点处扫描曲线不平滑,说明你找的扫描坐标不对。
想办法通过改变扫描方向、改变扫描选取的键长等手段,让扫描曲线在最高点附近平滑,然后再优化过渡态
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-17 20:12:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-17 17:29
扫描最高点处扫描曲线不平滑,说明你找的扫描坐标不对。
想办法通过改变扫描方向、改变扫描选取的键长等手 ...

好的老师

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发表于 Post on 2023-6-19 01:58:26 | 只看该作者 Only view this author
“羟基没有进攻S-S键”是什么意思?
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻;这个是GaussView成键判断机制的问题。只要O-S距离是按着设定的步长一步步缩短就是正常运行。
0.05埃步长下能量蹦个10 mHartree也还算正常,过渡态结构就在那附近了。在高点附近缩小步长再扫一扫、或者图省事直接拿最高点那个结构去做过渡态结构优化,八九不离十。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 21:46:27 | 只看该作者 Only view this author
啊不错的飞过海 发表于 2023-6-19 01:58
“羟基没有进攻S-S键”是什么意思?
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻;这个是Gau ...

我做了过渡态优化了,做完后发现硫硫键没有断裂,硫氧键也没有生成

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-19 21:47:03 | 只看该作者 Only view this author
啊不错的飞过海 发表于 2023-6-19 01:58
“羟基没有进攻S-S键”是什么意思?
盲猜楼主是看着GaussView画的没有O-S键就认为羟基没有进攻;这个是Gau ...

最后那一张图就是过渡态的输出结果

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