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[Sobtop] 利用sobtop生成kaolinite的输入文件求助

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各位大佬,模仿sobtop中例9生成高岭石的top文件,在中间过程中sobtop意外关闭,以下是演示细节。
1.利用multiwfn构建超胞生成kaolinite.pdb文件
2.修改kaolinite.pdb文件原子类型
3.修改sobtop参数文件(参考Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field,J. Phys. Chem. B 2004)


4.参照例九依次输入
启动Sobtop,然后输入
kaolinite.pdb[url=]kaolinite.pdb[/url]
1 //产生拓扑文件
5 //根据assign_AT.dat里的规则指认原子类型。之后从屏幕上的信息可见所有原子都被正确指认了原子类型
0 //进入下一步
4 //用预置的力场参数,缺失的自动猜
[回车] //用默认的top文件产生路径
[回车] //用默认的itp文件产生路径
///

5.跑模拟
运用例九中的md_PBC.mdp,运行报错,请问是mdp文件不合理还是写入参数有问题呢?


图片1.png (413.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

图片1.png

图片2.png (35.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

图片2.png

202306231034355862..png (46.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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202306231033233814..png (22.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202306231033233814..png

kaolinite.pdb

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-23 10:16:46 | 只看该作者 Only view this author
已解决,是LJ_param.dat中命名重复

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