求助：固定原子的结构采用CINEB搜索过渡态收敛情况是否合理及计算效率问题

wangyuxin

各位老师好，我在计算过渡态采用的是vtst的CINEB方法，附件压缩包中是计算所采用的结构和INCAR以及目前的收敛情况。第一次进行过渡态计算，目前遇到3个问题。
我的结构这样固定原子是否合理？（The maximum energy geometry along the reaction path generated by the CI-NEB method was further optimized using a quasi-Newton algorithm. In this procedure,
only the extra-framework atoms were relaxed. 所借鉴的文献是这样说明的）
目前过渡态的收敛情况是否合理？（在第7和第8步力感觉已经要收敛，但在第9步力出现的大幅增长）
我们服务器配置是单节点48核，目前已经跑了4天，还没有收敛，这个计算效率还有优化的空间嘛？

sobereva

你这个体系用CP2K跑实在太适合了，比VASP快太多了...

wangyuxin

sobereva 发表于 2023-6-29 07:42
你这个体系用CP2K跑实在太适合了，比VASP快太多了...

谢谢sob老师，那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话，那现在我的设置还有没有可以提高计算效率的优化空间
如果用CP2K的话，我使用的单节点48核服务器，目前这个体系大概需要多久可以收敛呢

sobereva

wangyuxin 发表于 2023-6-29 09:51
谢谢sob老师，那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话，那现在 ...

我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

wangyuxin

sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

好的，感谢sob老师，那我去尝试一下CP2K

wangyuxin

sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

老师，我们看了您的回答决定改用CP2K，首先要进行晶胞优化，但是任务算了2离子步任务就停止了，是我们输入文件设置有问题，还是服务器运存不足导致任务停止，帖子前面新编辑添加了输入文件和输出文件最后几行的图片，希望老师能指导一下。

sobereva

wangyuxin 发表于 2023-6-30 11:34
老师，我们看了您的回答决定改用CP2K，首先要进行晶胞优化，但是任务算了2离子步任务就停止了，是我们输 ...

CP2K装的有问题
另外，基组和CUTOFF没必要那么大，smearing开得也完全多余

挨打祥

sobereva 发表于 2023-7-1 06:55
CP2K装的有问题
另外，基组和CUTOFF没必要那么大，smearing开得也完全多余

老师，cutoff是我们按官网测试的，结果如下，EPS_SCF是1.0E-07，所以选的800 70，现在是减小到哪个合适呢。
基组的话改为更小的就是DZVP，smearing因为不是金属体系所以可以关闭，然后我们再重新编译下。
cutoff(Ry)        TE(Ha)                     1                    2                      3            4                   5             Δ              time/min
400        -3472.925564800         816352        520176        457564        297980        2520                
450        -3472.919473868         776104        559164        458824        297980        2520         -6.09E-03       
500        -3472.917760486         700016        526084        501660        316668        50164         -1.71E-03       
550        -3472.916740313         779904        729252        670524        363288        53944         -1.02E-03       
600        -3472.916452970         755808        740820        681372        304248        114664         -2.87E-04        13
650        -3472.916104685         708000        733300        613372        427576        114664         -3.48E-04        15
700        -3472.916102533         708000        733300        576236        440516        138860         -2.15E-06        15
750        -3472.916003888         671760        742172        603604        440516        138860         -9.86E-05        18
800        -3472.915990429         671760        681796        573620        530876        138860         -1.35E-05        20
850        -3472.915990879         671760        627956        586604        571732        138860         4.50E-07        20
900        -3472.915991414         647856        638664        599800        571732        138860         5.35E-07        22
rell_cutoff(Ry)        TE(Ha)        1        2        3        4        5                 time/min
50        -3472.915992648         436712        775240        608312        484836        291812                19
60        -3472.915990879         671760        627956        586604        571732        138860         -1.77E-06        20
70        -3472.915990385         708000        707612        601924        440516        138860        -4.94E-07        20
80        -3472.915990378         708000        762548        668932        342768        114664        -6.65E-09        21

sobereva

挨打祥 发表于 2023-7-1 10:05
老师，cutoff是我们按官网测试的，结果如下，EPS_SCF是1.0E-07，所以选的800 70，现在是减小到哪个合适呢 ...

绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭配600/55足矣

挨打祥

sobereva 发表于 2023-7-2 11:21
绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭 ...

好的，谢谢老师的悉心解答。