Gromacs计算溶质-溶质、溶剂-溶剂及溶质-溶剂相互作用求助

UTM · 发表于 Post on 2023-7-7 16:22:54

我想通过Gromacs计算A-A、B-B和A-B这三种相互作用从而判断A在B中是否有破坏A-A、B-B相互作用而形成A-B相互作用的倾向。做法是在纯的A、B体系下分别计算A-A、B-B的Coul-SR与LJ-SR之和，然后在AB溶液体系下计算A-B的Coul-SR与LJ-SR之和。目前遇到几个问题：
①计算Coul-SR时需要将PME改成cutoff然后rerun，那LJ-SR是读PME下的值还是cutoff的值更准呢？
②计算结果显示A-A、B-B的Coul-SR都是正的，A-B的Coul-SR是负的。库伦相互作用为正不是说明二者互相排斥吗？为什么纯物质的组内Coul-SR是正的呢？
③我想计算平均每个分子的相互作用能，在计算A-A、B-B时可以把总的能量除以分子数，但是计算A-B的时候每帧形成相互作用的A-B分子数量都不同，该怎么考察平均每对A-B分子的相互作用能呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-8 10:31:00

1 不受影响。改这个是对于库仑作用而言的，范德华作用总是用cutoff算

2 如果之前用的是cutoff-scheme = verlet，改成cutoff-scheme = group再试，有的gmx版本里用前者时会给出明显错误的Coul-SR。

3 A-B分子对数是始终固定不变的，A和B的数目就那么多，对数就是二者数目的乘积

UTM · 发表于 Post on 2023-7-8 18:13:32

sobereva 发表于 2023-7-8 10:31
1 不受影响。改这个是对于库仑作用而言的，范德华作用总是用cutoff算

2 如果之前用的是cutoff-scheme = ...

1 明白了，谢谢社长
2 您指的是在rerun时将PME改成cutoff同时将cutoff-scheme = verlet改成cutoff-scheme = group是吗？
3 由于我的体系是将A溶在B中，所以B的分子数远远大于A，这是不是不会导致有些B分子由于离A太远而与A没有相互作用？这样取平均不就会使结果偏小吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-9 09:34:29

UTM 发表于 2023-7-8 18:13
1 明白了，谢谢社长
2 您指的是在rerun时将PME改成cutoff同时将cutoff-scheme = verlet改成cutoff-schem ...

2 对
3 然而平均作用就是这么算的。除非你限定计算距离A多少埃以内的B与之的平均作用。

UTM · 发表于 Post on 2023-7-9 12:18:26

sobereva 发表于 2023-7-9 09:34
2 对
3 然而平均作用就是这么算的。除非你限定计算距离A多少埃以内的B与之的平均作用。

好的，明白了，谢谢社长。

UTM · 发表于 Post on 2023-9-9 16:27:36

sobereva 发表于 2023-7-8 10:31
1 不受影响。改这个是对于库仑作用而言的，范德华作用总是用cutoff算

2 如果之前用的是cutoff-scheme = ...

社长，我用的gromacs2020版本已经移除了cutoff-scheme = group，只能用verlet，这个怎么办？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-9 21:27:47

UTM 发表于 2023-9-9 16:27
社长，我用的gromacs2020版本已经移除了cutoff-scheme = group，只能用verlet，这个怎么办？

用老版本。rerun也花不了什么时间。

UTM · 发表于 Post on 2023-9-12 00:57:20

sobereva 发表于 2023-9-9 21:27
用老版本。rerun也花不了什么时间。

好的，谢谢社长

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[GROMACS] Gromacs计算溶质-溶质、溶剂-溶剂及溶质-溶剂相互作用求助

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