如何生成扩胞后的MOF的电荷？

nianbin · 发表于 Post on 2023-7-10 09:10:32

各位老师好，我最近在做一个类似MOF5的材料的分子动力学模拟，仿照卢老师SOBTOP的FeCl2案例。但是因为我的材料上面需要放置一个蛋白质，所以要进行扩胞处理以能够容纳蛋白。扩胞之后的MOF 有3240个原子，请问这种情况下应该如何计算电荷参数？此外，我发现使用CP2K对单胞进行频率计算，并使用sobtop的m2Seminario方法获得的结果用gromacs来计算，速度非常慢，而采用默认的UFF参数则快很多，不知道什么原因？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-7-10 11:05:37

先计算元胞的电荷，再扩胞，或者用经验的CBAC电荷，基本没啥计算量。m2Seminario是需要做第一性原理计算得到二阶梯度的，自然很慢，UFF力场及根据当前的键长和键角以及元素类型经验性得去猜力场数，所以非常快。

nianbin · 发表于 Post on 2023-7-10 18:55:58

slxc920113 发表于 2023-7-10 11:05
先计算元胞的电荷，再扩胞，或者用经验的CBAC电荷，基本没啥计算量。m2Seminario是需要做第一性原理计算得 ...

请问下如何从原胞的电荷获得扩胞之后的电荷，因为我看扩胞之后的原子顺序并不完全是按照原胞的顺序。另外，后面这个问题我可能没说清楚，我的意思是通过m2Seminario方法获得的参数用来跑MD 速度很慢。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 如何生成扩胞后的MOF的电荷？