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[GROMACS] 关于模拟无机溶液分子移动距离小的问题

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本帖最后由 Angelle 于 2023-7-21 21:17 编辑

我建立的盒子里面放入了硫酸根离子和五价钒离子(以VO2,带一个正电荷的形式存在)利用opls-aa力场,根据参考文献在力场文件中添加钒的相关力场参数。
具体模拟流程为:跑完能量最小化之后,进行npt,再进行nvt
发现nvt过程中,硫酸根离子以及钒离子的移动距离极小,几乎只在初始位置附近震动,请问这是什么原因呢,nvt设置如下:
define =
integrator = md
dt         = 0.001   ; ps 步长
nsteps     = 2000000 ; 1ns 步数
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15

;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

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发表于 Post on 2023-7-20 19:10:29 | 只看该作者 Only view this author
没完整拓扑文件没法说
搞清楚是不是加了位置限制势导致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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