求助：MD计算水透过石墨烯膜的压力梯度

YZH_jesse

各位老师：

我在做一个水透过单孔石墨烯膜的通量的MD计算，模型如下：

图1. 石墨烯水渗透MD模型

分别为1层/2层/3层单孔石墨烯膜的模型，中间为对应层数的石墨烯膜，在膜上方通过石墨烯壁面施加200.1MPa压力，在膜下方通过石墨烯壁面施加0.1 MPa压力，构建200MPa压差。

通量的数据是正常的，想具体算一下水在石墨烯膜法向方向的压力梯度，出现了两个问题：

1. 在膜的夹层位置，以及靠近膜的位置处，水分子的压力值会有骤变；并且在靠近膜之前水的压力就已经降低到常压值了，如图2：

图2. 三层单孔石墨烯膜水的压力梯度（绿色为第一层夹层，蓝色为第二层夹层）

2. 删除掉这些骤变的压力数值后，三个模型中，有部分位置处水的压力统计值高度重合，如图3、图4：

图3. 压力梯度（依次为单层、双层、三层石墨烯模型）

图4. 压力梯度（将以上三张图贴到一起）

计算压力梯度的命令如下：

compute p1 water stress/atom NULL

compute p3 water chunk/atom bin/1d z 38 2.0

fix p4 water ave/chunk 10 100000 1000000 p3c_p1[1] c_p1[2] c_p1[3] file stress.profile

我猜测是不是stress tensor计算的过程中有哪些项的考虑或忽略会对压力值造成巨大影响？或者说我当前统计压力梯度的方法是不是有问题？

非常感谢各位老师的回复！

吹梦到西洲

请问您是怎么得到水通量的信息的