求助GROMACS进行NVT模拟报错，结构会断裂

hezhichao · 发表于 Post on 2023-8-31 09:08:37

本帖最后由 hezhichao 于 2023-9-1 09:10 编辑

各位老师，使用GROMACS做分子动力学模拟时，做好能量最小化后，再进行NVT模拟会报错，结构会发生断裂，如图所示，求助各位老师该如何解决该问题，谢谢

我的体系中，基底是石墨烯，跑的分子结构如下图所示，断裂部分是共价键，模型是用高斯建的，所用力场是amber力场，用sob的那个软件直接生成的。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-8-31 15:10:04

又见提问一图流。。。细节呢？

石墨烯（疑似）上面具体是啥分子？
模型怎么建的？
断是怎么个断法？
非共价键断了那不是正常？
如果是共价键断了，那检查力场有没有错？

建议参考此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 87&fromuid=6031
(出处: 计算化学公社)

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-9-11 11:06:56

帖子编辑后大概懂了，未必是分子断了只是你没显示出来，你用vmd显示出xy两个方向看看就知道了。
vmd控制台里pbc unwrap显示就正常了

hezhichao · 发表于 Post on 2023-9-11 15:00:36

本帖最后由 hezhichao 于 2023-9-12 15:17 编辑

tomwong4253 发表于 2023-9-11 11:06
帖子编辑后大概懂了，未必是分子断了只是你没显示出来，你用vmd显示出xy两个方向看看就知道了。
vmd控制 ...

感谢您的答复，但是不止是显示分子断裂的问题，只要是会报错，“fatal error”，无法进行继续计算。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2023-9-16 13:06:31

hezhichao 发表于 2023-9-11 15:00
感谢您的答复，但是不止是显示分子断裂的问题，只要是会报错，“fatal error”，无法进行继续计算。

那就是你虚线部分（盲猜是C=S和N-H之间）的参数没有给好，所以报错了，仔细检查你的itp文件

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