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[GROMACS] 重跑轨迹计算分子间相互作用的色散校正相关问题

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我建立的模型有明显真空层,所以按照sobereva老师的建议在进行模拟时不使用色散校正,重跑轨迹分析相互作用时,没有色散校正的项,请问各位老师这种情况下计算相互作用是不是只考虑其他三项就可以了?

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发表于 Post on 2023-8-31 16:09:22 | 只看该作者 Only view this author
说具体哪三项
应当考虑的只有LJ-(SR)和Coulomb-(SR)
获得组间作用能的时候不要用PME之类的方法,倒易空间部分的贡献没法分解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-11 15:29:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-31 16:09
说具体哪三项
应当考虑的只有LJ-(SR)和Coulomb-(SR)
获得组间作用能的时候不要用PME之类的方法,倒易空间 ...

老师,我学习的教程是重跑A+B、A、B然后用A与B的减去单独A和单独B,这种也需要将pme改成其他方法吗?

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