用LAMMPS做完加载计算后，如何提取HESSIAN矩阵

science_dog

我用Lammps做加载计算，希望提取hessian矩阵然后对角化计算振动频率和特征向量。

goldNAN

https://docs.lammps.org/dynamical_matrix.html
dynamical_matrix

science_dog

goldNAN 发表于 2023-9-11 11:57
https://docs.lammps.org/dynamical_matrix.html
dynamical_matrix

感谢解答，这个命令我也用了，我有个疑惑就是计算出来的结果的具体是按什么排序的，里面原子对排序的是按照原子全局的原子id也就是 read_data里面数据的原子id排序？
还是按照打开atom_modify map yes之后映射到局部原子id的原子序号进行排序的。
我用这个命令计算出来的结果，对角化计算之后画出的对应的振动模态和频率都有点奇怪。

goldNAN

没问题啊 输出的就是力场数矩阵 我自己用差分方法验证过

science_dog

goldNAN 发表于 2023-9-12 11:37
没问题啊 输出的就是力场数矩阵 我自己用差分方法验证过

感谢！
然后就是矩阵的原子排序的问题，是按照原子id按顺序进行排序嘛？

goldNAN

read_data       lmp_atoms.data

neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

thermo          1000
thermo_style    custom step temp press ke pe etotal vol lx ly lz atoms

dump            1 all xyz 1000 dump_relax.xyz
dump_modify     1 sort id

restart         100000 test_relax

min_style       fire
minimize        1.0e-14 1.0e-5 100000 100000
dynamical_matrix all regular 0.00004 file dynmat.dat
run             0
write_data      final.data  

science_dog

goldNAN 发表于 2023-9-12 19:19
read_data       lmp_atoms.data

neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

不好意思，我积分不够不能私发信息，我想请问您对通过Hessian矩阵通过对角化求解特征振动模态和频率这方面有了解嘛，我最近想复现论文结果，但是没有很好的思路，想向您请教一下

goldNAN

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