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[GROMACS] 进行能量最小化时遇到的问题,求解答

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学生在进行能量最小化时,使用的指令是gmx grompp -f min.mdp -c mixbox-newbox.gro -p mixbox.top -o em.tpr -maxwarn 1
然后出现这个报错信息
学生检查了第五行没发现什么问题
完整的itp文件在附件 L-P.itp (14.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
请老师指点一下,谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-9-18 19:31:24 | 只看该作者 Only view this author
[ defaults ]字段不能出现两次
top里所有被include文件都展开,弄清楚各个字段都出现在哪里、几次,自然就明白了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 21:44:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 19:31
[ defaults ]字段不能出现两次
top里所有被include文件都展开,弄清楚各个字段都出现在哪里、几次,自然就 ...

老师,我上传的那个itp文件里没有重复出现的defaults字段,top文件里所有被include文件都展开了,他们都是用sobtop产生的itp文件,格式什么的都是一样的,报错的信息说itp文件哪个部分有问题,请老师再指教下

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发表于 Post on 2023-9-18 23:52:12 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2023-9-18 21:44
老师,我上传的那个itp文件里没有重复出现的defaults字段,top文件里所有被include文件都展开了,他们都 ...

显然include不可能仅仅是sobtop给的itp文件,还包含forcefield.itp等文件,所有的全都得展开
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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