如何将charmm-gui网站建立的模型再次扩大并且填充进水分子

我是厦彼 · 发表于 Post on 2023-9-18 23:02:22

我在charmmgui网站上构建了膜镶嵌模型，但是我想让细胞膜四周都被水分子包裹起来，于是我用editconf把gro文件扩大了边界并且用solvate填充了spc216水分子。
填充好后我发现top文件里显示charmmgui里填充的水分子和我自己填充的水分子的id分别是TIP3和SOL，并且由于是直接跳过了pdb2gmx，我没有这个SOL的itp文件，导致模拟跑不起来。主要是找了很多tip3.itp文件都无法识别，请问有没有好点的加水方法。

ruiweiye · 发表于 Post on 2024-10-24 11:29:38

我也遇到了这个问题，你的问题是怎么解决的呢

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-24 12:10:58

本帖最后由 student0618 于 2024-10-24 12:18 编辑

Linux的话用sed一行命令改残基名

sed -i s/SOL/TIP3/ xxx.gro

复制代码

然后拓朴也手动改一下对应分子数目。
也要检查一下水的原子名是否和拓朴一致。

ruiweiye · 发表于 Post on 2024-10-24 18:26:34

student0618 发表于 2024-10-24 12:10
Linux的话用sed一行命令改残基名

然后拓朴也手动改一下对应分子数目。

感动

ruiweiye · 发表于 Post on 2024-10-24 19:09:35

student0618 发表于 2024-10-24 12:10
Linux的话用sed一行命令改残基名

然后拓朴也手动改一下对应分子数目。

还是不行，修改以后，出现了报错。Fatal error:
Something is wrong in the coordinate formatting of file step5_ready.gro. Note
that gro is fixed format (see the manual)。拓扑文件已经做了相应修改。原子名也修改了

student0618 · 发表于 Post on 5 day ago

本帖最后由 student0618 于 2024-11-18 14:03 编辑

ruiweiye 发表于 2024-10-24 19:09
还是不行，修改以后，出现了报错。Fatal error:
Something is wrong in the coordinate formatting of f ...

我最近也试了一下在CHARMM-GUI 的盒子再加水。做法是先从自己的Gromacs Copy一个spc216.gro，用sed把这spc216.gro 的原子名、残基名都改成'CHARMM-GUI给的TIP3.itp一致。
gmx solvate -cs 指定这修改的spc216.gro填充。
之后修改topol.top 中TIP3 数目、include顺序。也检查gro文件中分子顺序，需要的话改一改。

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