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[CP2K] 使用cp2k对Cu团簇/Al2O3结构优化不收敛

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本帖最后由 卡卡西永恒 于 2023-10-14 00:01 编辑

各位老师好,我先对扩胞后的Al2O3进行了结构优化,共四层,设置k点3,3,1,设置任务优化结构(晶胞尺寸不变),设置XY周期性,设置色散校正DFT-D3(BJ),固定下面两层原子,其他参数不变,运行后如图1所示,刚开始运行就终止了。后来我减小k点或降低基组使用SZV-MOLOPT-SR-GTH,也还是出现这种情况。

后来我就没有用k点,基组使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH时,这时计算可以进行,但是震荡不收敛,然后我就把基组改为SZV-MOLOPT-SR-GTH,最后成功收敛。

现在我把Cu13团簇加入到了slab模型中,没有设置k点,设置任务优化结构(晶胞尺寸不变),设置XY周期性,固定下面两层原子,开启smearing,设置色散校正DFT-D3(BJ),基组使用SZV-MOLOPT-SR-GTH,但是计算也是刚开始运行就终止了。

我还要再降低基组吗,还是哪里设置的不合理

图 1.png (64.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

图 1

图 1

联想截图_20230919200321.png (281.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

联想截图_20230919200321.png

Cu13-Al2O3110-20Ayuanshikuobao-2.inp

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Cu/Al2O3输入文件

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发表于 Post on 2023-9-20 03:03:56 | 只看该作者 Only view this author
运行方式或者编译有问题,我这里2023.1按下文编译和运行,用你的输入文件用popt版跑的好好的
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html

SZV-MOLOPT-SR-GTH太垃圾,没法用于发文章。震荡该怎么解决怎么解决,换更明显烂的基组根本不是办法
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-20 10:56:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-20 03:03
运行方式或者编译有问题,我这里2023.1按下文编译和运行,用你的输入文件用popt版跑的好好的
CP2K第一性原 ...

sob老师,我是在ubuntu22.04里安装的cp2k.2023.1,根据别处的操作指南进行的编译,那我可以在这个基础上直接进行您说的这篇文章里的2.2和2.3节吗

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发表于 Post on 2023-9-21 01:47:28 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西永恒 发表于 2023-9-20 10:56
sob老师,我是在ubuntu22.04里安装的cp2k.2023.1,根据别处的操作指南进行的编译,那我可以在这个基础上 ...

语义不明
我博文里的情况是对于redhat系操作系统而言的,我拒绝使用Ubuntu。Ubuntu用户可在我博文基础上举一反三
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 22:22:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡卡西永恒 于 2023-9-22 22:23 编辑
sobereva 发表于 2023-9-21 01:47
语义不明
我博文里的情况是对于redhat系操作系统而言的,我拒绝使用Ubuntu。Ubuntu用户可在我博文基础上 ...

sob老师,我按照博文http://sobereva.com/586http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html)里的方法编译之后发现还是算不了,我觉得可能是我在Ubuntu里设置的内存太小了,于是我将内存从16G扩到32G,此时CPU和内存占用率也很高,但可以算下去了(用的还是上面那个输入文件),但是算的过程中SCF有时候收敛有时候不收敛,算了半天也没算完,但是您回复说您试了一下跑的好好的。并且我将没算完的restart文件导出cif文件,发现Cu13团簇有些变形。

我想请问是不是我提高内存增加核数能使SCF更容易收敛一些,我应该需要大概什么配置才能满足计算需求。还有就是我现在的设置有没有哪里不合理的地方需要改进一下

(我的具体操作是对Cu/γAl2O3的slab模型设置任务优化结构(晶胞尺寸不变),设置XY周期性,固定下面两层原子,开启smearing,设置色散校正DFT-D3(BJ),基组使用SZV-MOLOPT-SR-GTH,其他默认)



截图 2023-09-22 19-04-11.png (67.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

计算时内存占用情况

计算时内存占用情况

微信图片_20230922220847.jpg (694.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

虚拟机配置

虚拟机配置

QQ浏览器截图20230922221943.png (386.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

优化后结构图

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发表于 Post on 2023-9-23 05:38:00 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西永恒 发表于 2023-9-22 22:22
sob老师,我按照博文http://sobereva.com/586(http://bbs.keinsci.com/thread- ...

计算资源的设置和SCF是否容易收敛没有直接关系

基组太烂,就算收敛了也没意义

SCF不收敛该怎么解决怎么解决
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html
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