使用MOPAC和ORCA计算大体系弱相互作用，基组和方法应该怎么选择呢

子不语i · 发表于 Post on 2023-9-21 16:16:49

本帖最后由子不语i 于 2023-9-21 16:25 编辑

各位老师好，我在研究复合物的弱相互作用，体系总共有238个原子，其中174个C原子。计划使用MOPAC2016在PM7下进行结构优化，并使用ORCA5.0.4在BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2/J下计算结合能，不知道这样的设计是否可行，还请各位老师不吝赐教。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-21 17:08:25

理论级别太低了，你给的单点能理论级别用来做结构优化差不多，单点能级别可以考虑用双杂化泛函搭配triple zeta基组，或者wB97M-V搭配def2-QZVP。如果算不动，结构优化时可以用ONIOM，把离得比较远的石墨烯碳原子用GFN2-xTB描述。
此外，我感觉石墨烯上极少有只多一个羧基而没有连带着多其他基团的情况（参考一般文献算氧化石墨烯是怎么算的）。按常理，一片本来是闭壳层的石墨烯，上一个羧基以后会变成开壳层，所以倾向于再多上至少一个基团（比如羟基等）。
另外注意构象搜索问题和溶剂化问题

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-22 03:10:52

你的情况，用能考虑色散效应的半经验（如MOPAC里的PM6-D3H4X）或GFN-xTB做个预优化，进一步优化用B97-3c，相互作用能用更好点的r2SCAN-3c，又好又快。

子不语i · 发表于 Post on 2023-9-22 08:59:24

wzkchem5 发表于 2023-9-21 17:08
理论级别太低了，你给的单点能理论级别用来做结构优化差不多，单点能级别可以考虑用双杂化泛函搭配triple z ...

好的谢谢老师，氧化石墨烯的模型我再考虑一下

子不语i · 发表于 Post on 2023-9-22 08:59:36

sobereva 发表于 2023-9-22 03:10
你的情况，用能考虑色散效应的半经验（如MOPAC里的PM6-D3H4X）或GFN-xTB做个预优化，进一步优化用B97-3c， ...

谢谢sob老师

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