Mayer的bndmat.txt输出的数据格式不太理解

moritaichi · 发表于 Post on 2023-9-30 10:59:32

sob老师和各位大佬们，我在使用Multiwfn计算一个周期性体系的某两个原子之间的键级时，得到的bndmat.txt文件好像和cp2k讲义里的不太一样，我得到的bndmat.txt文件写着“Bond order matrix”字样，而讲义里似乎是别的，而且讲义里是1： 1（Si） 2(Si) 0.95667019 这样的数据格式，而我的bndmat.txt文件似乎是矩阵的形式。这样我不太能看得懂这个Mayer结果。
另外顺带一问，不知Multiwfn有没有将Mayer键级显示晶体结构（用等值面）的类似表示。

计算选用的DZVP-SR（因为6-31g*报错）基组。multiwfn使用的是Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64 版本。bndmat.tx已上传。

moritaichi · 发表于 Post on 2023-9-30 11:06:55

我自己好像看懂了，是5个元素为1行，穷举的形式，我自己犯迷糊了

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-30 14:45:19

i,j矩阵元就是i-j原子间的键级
由于不可能让一行特别长，所以每输出5个值换一行。注意看顶端的列的序号

三维实空间函数才可能用等值面来表示。键的数值只能用数值作为标签标注，或者用颜色直观展现，比如下文
将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法
http://sobereva.com/523（http://bbs.keinsci.com/thread-15658-1-1.html）

moritaichi · 发表于 Post on 2023-9-30 18:17:49

sobereva 发表于 2023-9-30 14:45
i,j矩阵元就是i-j原子间的键级
由于不可能让一行特别长，所以每输出5个值换一行。注意看顶端的列的序号

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好的，非常感谢sob老师一如既往的精准解惑

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