molclus 1.12 linux结合g16、orca算单点能报错orca_tools/qcsys.cpp, line 40怎么办

EkiP2EQe

molclus 1.12 linux结合g16、orca 5.0.4算单点能会报错

1. *** Configuration     1  ***
   
2. Current date: 2023-10-04   Time: 16:53:36
   
3. Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
   
4. Generating gau.gjf...
   
5. Running Gaussian: "g16" < gau.gjf > gau.out
   
6. Fine, optimization normally converged
   
7. Opt + freq task normally terminated
   
8. Thermal correction to Gibbs free energy:    0.308362 a.u.
   
9. Gibbs free energy:    -1449.847774 a.u.
   
10. Fine, there is no imaginary frequency
    
11. Now run single point task based on the template_SP.inp in current folder
    
12. Running ORCA: "orca" orcaSP.inp  > orcaSP.out
    
13. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
    
14. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
    
15. [file orca_tools/qcsys.cpp, line 40]:
    
16. 
    
17. Error: Single point calculation did not normally terminated! The task is regarded as failed
    
18. Deleting orcaSP.* orcaSP_*
    
19. Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    4543 s

复制代码

1. Running ORCA: "orca" orcaSP.inp  > orcaSP.out

复制代码

将计算过程中生成的orcaSP.inp文件通过脚本保存下来的内容直接使用orca orcaSP.inp可以正常运行


配置文件如下：
template.gjf

1. # B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq
   
2. 
   
3. Template file
   
4. 
   
5. 0 1
   
6. [GEOMETRY]
   

复制代码

settings.ini

1.   iprog= 1  
   
2.   ngeom= 10  
   
3.   itask= 3  
   
4.   ibkout= 0  
   
5.   distmax= 999  
   
6.   ipause= 0  
   
7.   iappend= 0  
   
8.   freeze= 0  
   
9. --- Below for Gaussian ---
   
10.   gaussian_path= "g16"  
    
11.   igaucontinue= 1  
    
12.   energyterm= "HF="
    
13.   ibkchk= 0  
    
14. --- Below for ORCA ---
    
15.   orca_path= "orca"  
    
16.   ibkgbw= 0  
    
17.   ibktrj= 0  
    
18.   ibkhess= 0  
    
19.   mpioption= none  
    
20. --- Below for MOPAC ---
    
21.   mopac_path= "MOPAC2016.exe"  
    
22. --- Below for xtb ---
    
23.   xtb_arg= "--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0"  
    
24. --- Below for Open Babel ---
    
25.   obabel_FF= MMFF94  
    
26.   obabel_param= "--steps 2500"
    
27. --- Below for Shermo ---
    
28.   Shermo_path= "D:\CM\my_program\Shermo\Shermo.exe"
    
29.   T= 298.15  
    
30.   P= 1.0  
    
31.   sclZPE= 1.0  
    
32.   ilowfreq= 2  

复制代码

template_SP.inp

1. ! wB97X ma-def2-TZVP(-f)  autoaux RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
   
2. %maxcore  1000
   
3. %pal nprocs   12 end
   
4. * xyz 0 1
   
5. [GEOMETRY]
   
6. *

复制代码

各位大佬有遇到过这种问题吗，我查了好久都没有找到相同的情况
molclus-settings.zip (152.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2023-10-5 09:58 上传 Uploaded

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molclus输入及配置文件

EkiP2EQe

网卡发了两次

wzkchem5

EkiP2EQe 发表于 2023-10-5 14:42
不会报错，把molclus中生成的orcaSP.inp拿出来让orca去跑可以正常得到结果

又看了一下，应该是molclus调用orca的时候没有用orca程序的绝对路径

sobereva

直接看orcaSP.out里面的信息判断报错原因

EkiP2EQe

sobereva 发表于 2023-10-5 11:09
直接看orcaSP.out里面的信息判断报错原因

卢老大，orcaSP.out里面只有input文件的内容，没有报错信息，只有下面这些内容

1. 
   
2.                                  *****************
   
3.                                  * O   R   C   A *
   
4.                                  *****************
   
5. 
   
6.                                             #,                                       
   
7.                                             ###                                      
   
8.                                             ####                                    
   
9.                                             #####                                    
   
10.                                             ######                                   
    
11.                                            ########,                                 
    
12.                                      ,,################,,,,,                        
    
13.                                ,,#################################,,                 
    
14.                           ,,##########################################,,            
    
15.                        ,#########################################, ''#####,         
    
16.                     ,#############################################,,   '####,        
    
17.                   ,##################################################,,,,####,      
    
18.                 ,###########''''           ''''###############################      
    
19.               ,#####''   ,,,,##########,,,,          '''####'''          '####      
    
20.             ,##' ,,,,###########################,,,                        '##      
    
21.            ' ,,###''''                  '''############,,,                           
    
22.          ,,##''                                '''############,,,,        ,,,,,,###''
    
23.       ,#''                                            '''#######################'''  
    
24.      '                                                          ''''####''''         
    
25.              ,#######,   #######,   ,#######,      ##                                
    
26.             ,#'     '#,  ##    ##  ,#'     '#,    #''#        ######   ,####,        
    
27.             ##       ##  ##   ,#'  ##            #'  '#       #        #'  '#        
    
28.             ##       ##  #######   ##           ,######,      #####,   #    #        
    
29.             '#,     ,#'  ##    ##  '#,     ,#' ,#      #,         ##   #,  ,#        
    
30.              '#######'   ##     ##  '#######'  #'      '#     #####' # '####'        
    
31. 
    
32. 
    
33. 
    
34.                   #######################################################
    
35.                   #                        -***-                        #
    
36.                   #          Department of theory and spectroscopy      #
    
37.                   #    Directorship and core code : Frank Neese         #
    
38.                   #        Max Planck Institute fuer Kohlenforschung    #
    
39.                   #                Kaiser Wilhelm Platz 1               #
    
40.                   #                 D-45470 Muelheim/Ruhr               #
    
41.                   #                      Germany                        #
    
42.                   #                                                     #
    
43.                   #                  All rights reserved                #
    
44.                   #                        -***-                        #
    
45.                   #######################################################
    
46. 
    
47. 
    
48.                          Program Version 5.0.4 -  RELEASE  -
    
49. 
    
50. 
    
51. With contributions from (in alphabetic order):
    
52.    Daniel Aravena         : Magnetic Suceptibility
    
53.    Michael Atanasov       : Ab Initio Ligand Field Theory (pilot matlab implementation)
    
54.    Alexander A. Auer      : GIAO ZORA, VPT2 properties, NMR spectrum
    
55.    Ute Becker             : Parallelization
    
56.    Giovanni Bistoni       : ED, misc. LED, open-shell LED, HFLD
    
57.    Martin Brehm           : Molecular dynamics
    
58.    Dmytro Bykov           : SCF Hessian
    
59.    Vijay G. Chilkuri      : MRCI spin determinant printing, contributions to CSF-ICE
    
60.    Dipayan Datta          : RHF DLPNO-CCSD density
    
61.    Achintya Kumar Dutta   : EOM-CC, STEOM-CC
    
62.    Dmitry Ganyushin       : Spin-Orbit,Spin-Spin,Magnetic field MRCI
    
63.    Miquel Garcia          : C-PCM and meta-GGA Hessian, CC/C-PCM, Gaussian charge scheme
    
64.    Yang Guo               : DLPNO-NEVPT2, F12-NEVPT2, CIM, IAO-localization
    
65.    Andreas Hansen         : Spin unrestricted coupled pair/coupled cluster methods
    
66.    Benjamin Helmich-Paris : MC-RPA, TRAH-SCF, COSX integrals
    
67.    Lee Huntington         : MR-EOM, pCC
    
68.    Robert Izsak           : Overlap fitted RIJCOSX, COSX-SCS-MP3, EOM
    
69.    Marcus Kettner         : VPT2
    
70.    Christian Kollmar      : KDIIS, OOCD, Brueckner-CCSD(T), CCSD density, CASPT2, CASPT2-K
    
71.    Simone Kossmann        : Meta GGA functionals, TD-DFT gradient, OOMP2, MP2 Hessian
    
72.    Martin Krupicka        : Initial AUTO-CI
    
73.    Lucas Lang             : DCDCAS
    
74.    Marvin Lechner         : AUTO-CI (C++ implementation), FIC-MRCC
    
75.    Dagmar Lenk            : GEPOL surface, SMD
    
76.    Dimitrios Liakos       : Extrapolation schemes; Compound Job, initial MDCI parallelization
    
77.    Dimitrios Manganas     : Further ROCIS development; embedding schemes
    
78.    Dimitrios Pantazis     : SARC Basis sets
    
79.    Anastasios Papadopoulos: AUTO-CI, single reference methods and gradients
    
80.    Taras Petrenko         : DFT Hessian,TD-DFT gradient, ASA, ECA, R-Raman, ABS, FL, XAS/XES, NRVS
    
81.    Peter Pinski           : DLPNO-MP2, DLPNO-MP2 Gradient
    
82.    Christoph Reimann      : Effective Core Potentials
    
83.    Marius Retegan         : Local ZFS, SOC
    
84.    Christoph Riplinger    : Optimizer, TS searches, QM/MM, DLPNO-CCSD(T), (RO)-DLPNO pert. Triples
    
85.    Tobias Risthaus        : Range-separated hybrids, TD-DFT gradient, RPA, STAB
    
86.    Michael Roemelt        : Original ROCIS implementation
    
87.    Masaaki Saitow         : Open-shell DLPNO-CCSD energy and density
    
88.    Barbara Sandhoefer     : DKH picture change effects
    
89.    Avijit Sen             : IP-ROCIS
    
90.    Kantharuban Sivalingam : CASSCF convergence, NEVPT2, FIC-MRCI
    
91.    Bernardo de Souza      : ESD, SOC TD-DFT
    
92.    Georgi Stoychev        : AutoAux, RI-MP2 NMR, DLPNO-MP2 response
    
93.    Willem Van den Heuvel  : Paramagnetic NMR
    
94.    Boris Wezisla          : Elementary symmetry handling
    
95.    Frank Wennmohs         : Technical directorship
    
96. 
    
97. 
    
98. We gratefully acknowledge several colleagues who have allowed us to
    
99. interface, adapt or use parts of their codes:
    
100.    Stefan Grimme, W. Hujo, H. Kruse, P. Pracht,  : VdW corrections, initial TS optimization,
     
101.                   C. Bannwarth, S. Ehlert          DFT functionals, gCP, sTDA/sTD-DF
     
102.    Ed Valeev, F. Pavosevic, A. Kumar             : LibInt (2-el integral package), F12 methods
     
103.    Garnet Chan, S. Sharma, J. Yang, R. Olivares  : DMRG
     
104.    Ulf Ekstrom                                   : XCFun DFT Library
     
105.    Mihaly Kallay                                 : mrcc  (arbitrary order and MRCC methods)
     
106.    Jiri Pittner, Ondrej Demel                    : Mk-CCSD
     
107.    Frank Weinhold                                : gennbo (NPA and NBO analysis)
     
108.    Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar   : smd solvation model
     
109.    Lars Goerigk                                  : TD-DFT with DH, B97 family of functionals
     
110.    V. Asgeirsson, H. Jonsson                     : NEB implementation
     
111.    FAccTs GmbH                                   : IRC, NEB, NEB-TS, DLPNO-Multilevel, CI-OPT
     
112.                                                    MM, QMMM, 2- and 3-layer-ONIOM, Crystal-QMMM,
     
113.                                                    LR-CPCM, SF, NACMEs, symmetry and pop. for TD-DFT,
     
114.                                                    nearIR, NL-DFT gradient (VV10), updates on ESD,
     
115.                                                    ML-optimized integration grids
     
116.    S Lehtola, MJT Oliveira, MAL Marques          : LibXC Library
     
117.    Liviu Ungur et al                             : ANISO software
     
118. 
     
119. 
     
120. Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
     
121. For citations please refer to: http://libint.valeyev.net
     
122. 
     
123. Your ORCA version has been built with support for libXC version: 5.1.0
     
124. For citations please refer to: https://tddft.org/programs/libxc/
     
125. 
     
126. This ORCA versions uses:
     
127.    CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
     
128.    LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
     
129.    SCALAPACK package :  Parallel linear algebra routines
     
130.    Shared memory     :  Shared parallel matrices
     
131.    BLAS/LAPACK       :  OpenBLAS 0.3.15  USE64BITINT DYNAMIC_ARCH NO_AFFINITY Zen SINGLE_THREADED
     
132.         Core in use  :  Zen
     
133.    Copyright (c) 2011-2014, The OpenBLAS Project
     
134. 
     
135. 
     
136. XCFun DFT library Copyright 2009-2010 Ulf Ekstrom and contributors.
     
137. See http://admol.org/xcfun for more information.
     
138. This is free software; see the source code for copying conditions.
     
139. There is ABSOLUTELY NO WARRANTY; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
     
140. For details see the documentation.
     
141. Scientific users of this library should cite U. Ekstrom, L. Visscher, R. Bast, A. J. Thorvaldsen and K. Ruud;
     
142. J.Chem.Theor.Comp. 2010, DOI: 10.1021/ct100117s
     
143. XCFun Version 0.99
     
144. 
     
145. ================================================================================
     
146. 
     
147. ----- Orbital basis set information -----
     
148. Your calculation utilizes the basis: ma-def2-TZVP(-f)
     
149.    F. Weigend and R. Ahlrichs, Phys. Chem. Chem. Phys. 7, 3297 (2005).
     
150.    J. Zheng, X. Xu and D. G. Truhlar, Theor. Chem. Acc. 128, 295 (2011).
     
151. 
     
152. ----- AuxJ basis set information -----
     
153. Your calculation utilizes the AutoAux generation procedure.
     
154.   G. L. Stoychev, A. A. Auer, F. Neese, J. Chem. Theory Comput. 13, 554 (2017)
     
155. 
     
156. ----- AuxC basis set information -----
     
157. Your calculation utilizes the AutoAux generation procedure.
     
158.   G. L. Stoychev, A. A. Auer, F. Neese, J. Chem. Theory Comput. 13, 554 (2017)
     
159. 
     
160. ----- AuxJK basis set information -----
     
161. Your calculation utilizes the AutoAux generation procedure.
     
162.   G. L. Stoychev, A. A. Auer, F. Neese, J. Chem. Theory Comput. 13, 554 (2017)
     
163. 
     
164. ================================================================================
     
165.                                         WARNINGS
     
166.                        Please study these warnings very carefully!
     
167. ================================================================================
     
168. 
     
169. 
     
170. INFO   : the flag for use of the SHARK integral package has been found!
     
171. 
     
172. ================================================================================
     
173.                                        INPUT FILE
     
174. ================================================================================
     
175. NAME = orcaSP.inp
     
176. |  1> ! wB97X ma-def2-TZVP(-f)  autoaux RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop
     
177. |  2> %maxcore  762
     
178. |  3> %pal nprocs   8 end
     
179. |  4> * xyz 0 1
     
180. |  5> C       2.05361400    0.08352500    0.48177800
     
181. |  6> C       1.14000600   -0.30841300    1.47071600
     
182. |  7> C       0.29806400   -1.40925100    1.25733000
     
183. |  8> C       0.34011500   -2.09407600    0.04935500
     
184. |  9> C       1.21803800   -1.67315000   -0.95702800
     
185. | 10> C       2.08750600   -0.59966900   -0.72645700
     
186. | 11> C       1.13833800   -2.20745300   -2.34435200
     
187. | 12> C       1.01727900    0.51520800    2.69810900
     
188. | 13> O       1.72928500   -1.72174000   -3.28666600
     
189. | 14> O       1.76658300    1.42521000    3.02289900
     
190. | 15> O       0.27728700   -3.25435000   -2.45093300
     
191. | 16> O      -0.05684600    0.19376700    3.44413000
     
192. | 17> C      -0.22192900   -3.53665800   -3.76924800
     
193. | 18> C      -1.71057300   -3.20347200   -3.78796100
     
194. | 19> C      -1.17821300    0.39433900   -1.87058000
     
195. | 20> C      -2.19322300   -0.45508200   -1.41387600
     
196. | 21> C      -2.82021500   -0.20305100   -0.18565100
     
197. | 22> C      -2.39582100    0.85447800    0.60569900
     
198. | 23> C      -1.33433800    1.66343000    0.17938800
     
199. | 24> C      -0.74663000    1.44798600   -1.07261800
     
200. | 25> C      -0.80191400    2.67305900    1.13751700
     
201. | 26> C      -2.51360600   -1.73535200   -2.09947900
     
202. | 27> O      -1.27615000    2.88232400    2.23909600
     
203. | 28> O      -3.22184900   -2.59780200   -1.62149600
     
204. | 29> O       0.30132300    3.28620300    0.66672400
     
205. | 30> O      -1.86712800   -1.86506800   -3.28957400
     
206. | 31> C       0.97085200    4.19249600    1.56669600
     
207. | 32> C       2.42455100    4.31215800    1.14335800
     
208. | 33> O       3.15183300    3.10308800    1.21989600
     
209. | 34> H       2.66721600    0.96491100    0.62817000
     
210. | 35> H      -0.41359800   -1.69681900    2.02133400
     
211. | 36> H      -0.34369100   -2.91280900   -0.13898600
     
212. | 37> H       2.74335300   -0.27824300   -1.52758600
     
213. | 38> H      -0.10944000    0.86117000    4.15335500
     
214. | 39> H      -0.06677600   -4.60102700   -3.96771900
     
215. | 40> H       0.33846800   -2.94363900   -4.49287200
     
216. | 41> H      -2.28997500   -3.88339700   -3.16214300
     
217. | 42> H      -2.09417300   -3.23266500   -4.81203300
     
218. | 43> H      -0.68865600    0.18904700   -2.81486900
     
219. | 44> H      -3.59927700   -0.87821700    0.15017500
     
220. | 45> H      -2.83457500    1.04192200    1.57907600
     
221. | 46> H       0.07790600    2.07350000   -1.39091400
     
222. | 47> H       0.87912400    3.80622300    2.58425400
     
223. | 48> H       0.47274900    5.16784300    1.52064800
     
224. | 49> H       2.87742000    5.09729900    1.77323000
     
225. | 50> H       2.48427000    4.65252800    0.10376700
     
226. | 51> H       2.86450800    2.61310000    2.01332200
     
227. | 52> *
     
228. | 53>
     
229. | 54>                          ****END OF INPUT****
     
230. ================================================================================
     
231. 
     

复制代码

报错以后orcaSP*文件都会马上被删掉，也可能是还没有获取到完整的内容，我再试试获取下

wzkchem5

EkiP2EQe 发表于 2023-10-5 09:55
卢老大，orcaSP.out里面只有input文件的内容，没有报错信息，只有下面这些内容

同一台机子上单独跑orca任务会报错吗？

EkiP2EQe

wzkchem5 发表于 2023-10-5 17:14
同一台机子上单独跑orca任务会报错吗？

不会报错，把molclus中生成的orcaSP.inp拿出来让orca去跑可以正常得到结果