高斯模拟物质太赫兹波段的吸收度

alai · 发表于 Post on 2023-10-12 10:55:25

小弟的课题方向是用太赫兹波检测物质的吸收度，折射率等数据，然后用高斯模拟在太赫兹波段下的吸收度，大概是在远红外波段，但是我模拟出来的都是10-200thz的，很多论文都是0-2thz，不知道该怎么调整参数

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-12 11:14:47

对于分子晶体的太赫兹吸收，用Gaussian根本没法算，你哪怕弄成很大的簇模型也白搭

用CP2K+Multiwfn模拟周期性体系的太赫兹光谱相当理想，北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）有专门的例子

alai · 发表于 Post on 2023-10-12 11:41:00

sobereva 发表于 2023-10-12 11:14
对于分子晶体的太赫兹吸收，用Gaussian根本没法算，你哪怕弄成很大的簇模型也白搭

用CP2K+Multiwfn模拟 ...

那之前那些论文中高斯算太赫兹波段的吸收度他们是怎么计算的呀?我最近一直在纠结怎么浮现出人家论文中的数据

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-12 17:49:41

alai 发表于 2023-10-12 04:41
那之前那些论文中高斯算太赫兹波段的吸收度他们是怎么计算的呀?我最近一直在纠结怎么浮现出人家论文中的 ...

用簇模型计算，再用gaussview以外的软件自行作图。不过正如sob老师第一张ppt所说，这样算不准

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-12 21:13:11

alai 发表于 2023-10-12 11:41
那之前那些论文中高斯算太赫兹波段的吸收度他们是怎么计算的呀?我最近一直在纠结怎么浮现出人家论文中的 ...

你如果非要重现他们的数据就用他们的模型，但由于我的ppt里提到的那篇PCCP的文章已经发表两年了，现在再用这种模型试图发文章，审稿人靠这篇PCCP的结论就能令你的计算全都白费

alai · 发表于 Post on 2023-10-13 17:54:09

wzkchem5 发表于 2023-10-12 17:49
用簇模型计算，再用gaussview以外的软件自行作图。不过正如sob老师第一张ppt所说，这样算不准

谢谢老师，用簇模型是怎么设置呀

alai · 发表于 Post on 2023-10-13 17:55:22

sobereva 发表于 2023-10-12 21:13
你如果非要重现他们的数据就用他们的模型，但由于我的ppt里提到的那篇PCCP的文章已经发表两年了，现在再 ...

好的老师，我之后在学习cp2k，主要我不是化学方向的，我是学生物的，这个软件我一时学不会，想先从简单的入手

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-13 17:59:34

alai 发表于 2023-10-13 17:55
好的老师，我之后在学习cp2k，主要我不是化学方向的，我是学生物的，这个软件我一时学不会，想先从简单的 ...

如果你就是咬定了要算周期性体系的THz，没有明显更简单的。CP2K又不要钱，速度还很快，用Multiwfn创建输入文件还特方便。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-13 20:22:06

alai 发表于 2023-10-13 10:55
好的老师，我之后在学习cp2k，主要我不是化学方向的，我是学生物的，这个软件我一时学不会，想先从简单的 ...

从简单的入手的结果就是，最后被审稿人质疑了才发现还是要学CP2K，而且还浪费了时间用高斯算出来了一个发表不了的结果（或者你把团簇取得超级大，虽然能发表，但是浪费了很多机时）。而且那种情况下你得在返修deadline之前（比如一个月以内）学会、跑完计算、分析完计算结果，不像一开始就学那样时间从容。

zql2023 · 发表于 Post on 2023-12-22 15:29:25

sobereva 发表于 2023-10-13 17:59
如果你就是咬定了要算周期性体系的THz，没有明显更简单的。CP2K又不要钱，速度还很快，用Multiwfn创建输 ...

老师您好，我的研究方向是关于高聚物的在太赫兹波段的吸收与折射率。我刚刚接触这个领域有这几个问题想向您请教，希望您能够给出建议，万分感谢！
1. 请问如何能够建立聚合度很高的聚合物模型呢，需要什么软件进行辅助吗？
2. 想要计算固态聚合物模型，能建立同时拥有结晶区与非晶区这种模型吗？使用lammps可以分析这种模型的振动情况和分子间相互作用吗？
3. 我现在还在学习Levine的量子化学，软件没有接触，CP2K没有找到合适的学习资料，如果想要参加这个培训班的话，需要做哪些准备呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-22 15:46:08

zql2023 发表于 2023-12-22 15:29
老师您好，我的研究方向是关于高聚物的在太赫兹波段的吸收与折射率。我刚刚接触这个领域有这几个问题想向 ...

1 有一些聚合物构建工具，诸如商业的M$以及一些免费的，google上可以搜到

2 可以尝试gromacs跑动力学，结晶区原子热浴用低温，非晶区原子用相对高一些的温度。我不用lammps

3 CP2K在网上的资料都是零七八碎的，完全没有系统、易懂且由浅入深学习的资料。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）是最好的一次性上手CP2K的机会，同时会学习到全面的第一性原理计算的理论背景知识。如果之前完全没做过量子化学计算，强烈建议同时结合北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html），二者内容是高度互补的。CP2K班假定学员已经有了初级量化班的知识基础。

zql2023 · 发表于 Post on 2023-12-22 18:27:14

sobereva 发表于 2023-12-22 15:46
1 有一些聚合物构建工具，诸如商业的M$以及一些免费的，google上可以搜到

2 可以尝试gromacs跑动力学 ...

谢谢老师您的回复，我还有一个新的问题，
下午看完了您提到的PCCP那篇文章，如果使用周期性的模型进行计算分析太赫兹光谱，所有的晶胞设置的都是一样的吗？对于现实中结晶度不同的聚合物应该怎样去建立模型呢？未结晶部分可以怎样去建模呢？因为我们在实验中发现结晶度会影响峰的强度。
再次感谢老师您的回复，祝您冬至快乐！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-22 18:50:50

zql2023 发表于 2023-12-22 18:27
谢谢老师您的回复，我还有一个新的问题，
下午看完了您提到的PCCP那篇文章，如果使用周期性的模型进行计 ...

完美晶体可以直接通过CP2K做优化和振动分析计算THz光谱

建模时对结晶度的控制，或许可以通过动力学模拟过程中退火过程的设置来实现

zql2023 · 发表于 Post on 2023-12-28 23:21:22

sobereva 发表于 2023-12-22 18:50
完美晶体可以直接通过CP2K做优化和振动分析计算THz光谱

建模时对结晶度的控制，或许可以通过动力学模 ...

老师抱歉再次打扰您一下，我的研究方向需要解释聚合物的太赫兹光谱，现在对于软件的选择还是十分困惑，希望能够得到您的帮助。
请问现在可以计算聚合度较大聚合物（比如说分子量上万）的太赫兹光谱吗？CP2K支持计算太赫兹光谱的物质所含原子数量最多可以到多少呢？目前是想参加CP2K的培训班快一点入门，但是担心学习完之后没有办法计算这种大体系的光谱。如果没有办法计算的话，我想分析聚合物间的弱相互作用，使用CP2K还是分子动力学类软件呢，您能给推荐一下吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-29 04:12:57

zql2023 发表于 2023-12-28 23:21
老师抱歉再次打扰您一下，我的研究方向需要解释聚合物的太赫兹光谱，现在对于软件的选择还是十分困惑，希 ...

这种规模的这类体系通常需要做基于分子力场的分子动力学模拟来得到红外光谱。CP2K、gromacs都可以做这样的动力学模拟，之后红外光谱再依靠VMD自带的红外光谱计算插件或者calc-ir-spectra.py等程序基于偶极自相关函数产生。太赫兹波段的红外光谱就是一般说的太赫兹光谱。
以下两个培训都和这个问题关系甚密
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）

弱相互作用看具体以什么角度研究，说不清楚就用文献里的例子说事

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[综合交流] 高斯模拟物质太赫兹波段的吸收度