碳酸根建模、势函数求助

NanoC

本人目前在做碳酸盐的分子模拟，在寻找力场时描述碳酸根的势能时有两种类型，一种是用improper中的distance来描述碳酸根的作用，一种是用harmonic dihedral来描述碳酸根的作用。本人目前能够建模出适用于distance improper的模型（ms转lammps），但是无法建模出harmonic dihedral，特此来求助。尝试用vmd guessdihedral 也无法成功
ps：一个碳酸根中有一个distance improper，如果是harmonic dihedral 的话就有三个。

slxc920113

成键项对模拟的结果影响不大，你只需要能维持住刚性就行，对于碳酸根，一般的做法就是直接用羧酸根的improper参数

NanoC

slxc920113 发表于 2023-10-16 16:34
成键项对模拟的结果影响不大，你只需要能维持住刚性就行，对于碳酸根，一般的做法就是直接用羧酸根的improp ...

因为有两套力场，第一套力场使用的improper，但是只能用于一种晶型的计算，其他晶型计算会报错。所以才想尝试一下第二套力场中的dihedral。置于让碳酸根刚化，因为我要做的是晶体的力学性质，所以碳酸根的柔性还是比较影响结果的。我做水溶液的话一般也会刚化。