gmx msd -ten 命令中输出各列的意义是什么？

Jus · 发表于 Post on 2023-10-17 21:30:55

本帖最后由 Jus 于 2023-10-17 21:40 编辑

请教各位大佬以下三个问题：
问题1：gmx msd -ten 命令中输出的trace、xx、yy、zz、yx、zx、zy的意义都是什么。我的理解是xx、yy、zz计算的是一维扩散，仅考虑某一方向的扩散；yx、zx、zy是二维扩散，也就是界面上的扩散；
问题2：如果想要计算分子在z轴方向的扩散系数，能否用 zz 这一列的数据进行计算；
问题3：如果想要计算界面间的水平扩散，又应该怎样设置；
感谢大佬们的回复！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-18 03:13:57

1 yx、zx、zy体现相应两个方向运动的耦合，不是用来算二维扩散的。二维扩散可以用-lateral

2 -type z

3 -lateral z，假设界面平行于XY

Jus · 发表于 Post on 2023-10-18 10:30:41

sobereva 发表于 2023-10-18 03:13
1 yx、zx、zy体现相应两个方向运动的耦合，不是用来算二维扩散的。二维扩散可以用-lateral

2 -type z

明白了，非常感谢卢老师的回答！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gmx msd -ten 命令中输出各列的意义是什么？