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[CP2K] CP2K算CO频率时NPROC_REP如何设置?

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本帖最后由 caiar 于 2023-10-29 18:59 编辑

各位老师好,我根据卢老师的CP2K讲义在进行振动分析过程中,遇到如下问题:
       起初是按照第一版讲义的133页内容,将&VIBRATIONAL_ANALYSIS中的NPROC_REP设置为1,提交作业后,发现总是中途停止。用卢老师提供的示例结构来跑,完全没问题,经过一系列排除之后,发现是由于我的体系所需盒子太大,具体盒子尺寸为ABC 25 25 25,为了解决这个问题,我尝试将NPROC_REP设置为40,作业可以顺利跑下去。
       但是,有相当一部分结构还是在中途停止,查看报错文件(如下附件slurm-3312156.out)后,发现可能是由于这个作业占用太多服务器资源,所以被迫停止。同时服务器管理员也通知我的作业占据过多资源(通知内容:注意限制程序开的线程数不得超过申请的CPU核数。以下作业每个节点只有24核,但作业开了200多线程,均已杀掉。),我当前使用的服务器为24核。
       我现在不知道该如何更改NPROC_REP了,有没有老师能给出些建议啊



cp2k.sh

229 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9

提交作业脚本

freq.out

12.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

IR_freq.inp

4.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

protein.xyz

7.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

结构

slurm-3312156.out

38.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

含报错内容的文件

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发表于 Post on 2023-10-30 02:07:19 | 只看该作者 Only view this author
用psmp必须自己设OMP_NUM_THREADS,北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)上我讲"CP2K的基础知识"的部分强调了


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-10-30 10:56:09 | 只看该作者 Only view this author
个人经验,最好设置为n*n=N(N是调用的核数)

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