求助：如何统计聚合物特定基团与分子的接触比例

whitemouse · 发表于 Post on 2023-10-31 13:21:44

各位老师好，我有一个聚合物是丙烯醇和和乙烯醇无规合成的，上面有若干个丙羟基和乙羟基，我想统计聚合物分子在动力学过程中，它的丙羟基和乙羟基与另一个分子间小于2.5A的出现频率，请问这样有什么好的方法统计或是以其他统计思路达到类似的效果呢，因为聚合物链比较长，丙羟基和乙羟基又是无规分布，不太好按照原子序号进行分组，现在比较头疼，请各位老师指导！

Yaocy · 发表于 Post on 2023-10-31 15:04:48

如果不区分丙羟基与乙羟基的话，把羟基分为一组应该可以吧

whitemouse · 发表于 Post on 2023-10-31 16:48:38

Yaocy 发表于 2023-10-31 15:04
如果不区分丙羟基与乙羟基的话，把羟基分为一组应该可以吧

其实主要就是想看丙羟基和乙羟基的差别，所以很头疼应该怎么统计

lyj714 · 发表于 Post on 2023-10-31 17:25:40

看看有没有什么基团特征(键链接拓扑关系啥的)或者原子类型不一样等等，然后考虑看vmd能不能选中这部分基团然后就能得到编号。

whitemouse · 发表于 Post on 2023-11-1 10:22:35

lyj714 发表于 2023-10-31 17:25
看看有没有什么基团特征(键链接拓扑关系啥的)或者原子类型不一样等等，然后考虑看vmd能不能选中这部分基团 ...

这么说起来，感觉在tcl脚本里用原子电荷来限制应该可以

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