中间体小分子需要单独做一遍结构优化吗？

Sandbar · 发表于 Post on 2023-10-31 21:56:18

本帖最后由 Sandbar 于 2023-10-31 21:56 编辑

同门跟我说在催化剂上的中间体是要在空的晶胞里自己单独优化，然后在把这个优化过后的中间体小分子放在催化剂上结构优化，找出最稳定结构。
可以略过中间体小分子在空的晶胞中的优化，直接在把自己手动调整的小分子放到催化剂上进行结构优化，这样合理吗？

催化剂上的中间体都不能在气相在稳定存在，为什么还要自己单独优化一遍结构？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-2 08:52:41

没有绝对必要对孤立分子事先做一个单独的优化。
如果是刚性分子，有化学常识的人直接通过GaussView搭出来的结构不会有多诡异
对于柔性分子，本身吸附过程就会影响分子构象

Sandbar · 发表于 Post on 2023-11-2 21:29:18

谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合讨论] 中间体小分子需要单独做一遍结构优化吗？