GMX统计RDF未收敛至1，且形状奇怪

含光君

各位老师好，本人最近用gmx计算电解液中CF₃SO₃⁻离子对水的rdf，但是用gmx统计发现rdf未能收敛至1。命令：

1. gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 'resname WAT' -sel 'resname CF3' -seltype mol_com -o 2-rdf-WAT-CF3.xvg

复制代码

结果如图：
如果统计水中O原子与CF₃SO₃⁻离子中的C碳原子或S的rdf，前者峰显得很奇怪，后者便与上面离子对水的rdf较为一致：

1. gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 'resname WAT and name O' -sel 'resname CF3 and name C' -o 2-rdf-WAT-CF3.xvg
   
2. gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 'resname WAT and name O' -sel 'resname CF3 and name S' -o 2-rdf-WAT-CF3.xvg

复制代码

但总而言之最后都没收敛至1.

在论坛其他帖子中看到卢老师有建议换用VMD作相同的计算。所得结果均能收敛至1，但如果分别作O-C，O-S的rdf，结果还是很不一样。如图：





因此有几个问题想请教大家：

1. 为什么gmx会出现统计区间末端收敛不到1的情况？
2. VMD可否计算分子对分子的rdf呢？
3. 同样是计算水中的O对CF₃SO₃⁻离子中的原子（C和S），为什么rdf差异会如此之大？

sobereva

1 盒子不够大会有那个问题。一个粒子只会被计算一次

2 VMD自带的插件没法计算分子质心之间的rdf

3 那种程度的差异不算异常，正常体现了相互作用的差异。可以结合空间分布函数直观考察

含光君

sobereva 发表于 2023-11-7 10:07
1 盒子不够大会有那个问题。一个粒子只会被计算一次

2 VMD自带的插件没法计算分子质心之间的rdf

谢谢卢老师的解答！