小分子置于磷脂双分子层模拟出现问题

yangyuan · 发表于 Post on 2023-11-6 22:07:22

请问各位大神，小分子置于磷脂双分子层，模拟过程出现这种情况该怎么解决，感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-7 08:32:03

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “脂质-小分子体系” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

没模拟细节没人能准确告诉你是怎么回事
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-11-7 12:57:07

提示信息非常清楚，你的模拟体系体积发生了很大的变化，由于AMBER的GPU加速代码不会重新划分grid cell，所以如果体积变化很大计算结果就会出问题。
体积发生大幅变化说明离平衡状态很远，需要检查体系是否合理，如果确定合理，可以如提示信息所说，不断提交小段GPU模拟，或者换用CPU模拟，直到体积不再大幅变化，再用GPU跑长时间模拟。

yangyuan · 发表于 Post on 2023-11-17 21:43:01

Frozen-Penguin 发表于 2023-11-7 12:57
提示信息非常清楚，你的模拟体系体积发生了很大的变化，由于AMBER的GPU加速代码不会重新划分grid cell，所 ...

谢谢您的回复，我有检查后用CPU运行，但会存在问题，算的很慢

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[Amber] 小分子置于磷脂双分子层模拟出现问题

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