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[Gaussian/gview] 高斯跑ADMP如何判断分子发生了分解

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本帖最后由 SMALL-CR7 于 2023-11-16 10:50 编辑

老师们,请教一个问题,我用高斯去模拟了ADMP,温度设为了1000K,实验中,该分子523.15K就开始了分解,但模拟中,未观察到很明显的分解,只有一个O-H键会出现消失和存在,附上我的结果图,想知道如何判断是否分解了

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发表于 Post on 2023-11-16 17:08:26 | 只看该作者 Only view this author
实验是经过了多久分解的?计算跑了多长时间的轨迹?
你的ADMP只跑了2ps,如果实验是好几秒甚至好几小时才分解的,那计算上毫无分解是极其正常的。应当改用过渡态理论来计算分解过程
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-16 20:25:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-16 17:08
实验是经过了多久分解的?计算跑了多长时间的轨迹?
你的ADMP只跑了2ps,如果实验是好几秒甚至好几小时才 ...

老师,实验是从室温开始加热,平均每分钟增加10度;计算模拟才跑了2ps,看来是不够的,我打算再增加一下时间,要是还不行,就只能换方法了,主要是不清楚会裂解成什么分子,所以暂时确定不了过渡态

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发表于 Post on 2023-11-16 20:35:47 | 只看该作者 Only view this author
SMALL-CR7 发表于 2023-11-16 13:25
老师,实验是从室温开始加热,平均每分钟增加10度;计算模拟才跑了2ps,看来是不够的,我打算再增加一下 ...

增加多少时间也不可能跑到分钟级,如果比如说跑2ps跑了一天,那跑一年也跑不到1ns。
固然跑ADMP的温度比实验温度高,但是也得估算一下温度高这么多反应快多少倍,得快到10^14次方的量级,才可能只跑2ps就能模拟出几十分钟的反应。
跑MD,尤其是AIMD,最忌讳的就是不预先估计能不能在合理时间内跑出来,直接盲跑,最后发现跑不出反应,白白浪费机时
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2023-11-17 02:40:12 | 只看该作者 Only view this author
是否分解显然直接从轨迹上结合基本化学常识(如化学键键长)就能判断。

除非真的有很不稳定的键,否则这种分子就用1000K跑,在有限的模拟时间内很难观察到分解。倘若你对分解产物、过程感兴趣,应当不断提升温度,直到在能接受的模拟时间内观看到解离为止
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 20:59:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-16 20:35
增加多少时间也不可能跑到分钟级,如果比如说跑2ps跑了一天,那跑一年也跑不到1ns。
固然跑ADMP的温度比 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-17 20:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 02:40
是否分解显然直接从轨迹上结合基本化学常识(如化学键键长)就能判断。

除非真的有很不稳定的键,否则这 ...

谢谢老师

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