求助Zn-Azurin金属蛋白参数文件

yolo-bike · 发表于 Post on 2023-11-17 10:54:43

各位大神，帮忙看一下，课题是对Zn-Azurin的一个模拟（pdb id:1e67）,取单链和金属放在水溶液球体中，图1是我自己根据查找的材料写出来的参数文件，在球状水体的动力学模拟过程中出现了一些问题

yolo-bike · 发表于 Post on 2024-3-25 15:24:49

已经解决了，
减小时间步长、增加最小化步骤
timestep:2.0~1.0
miniimize:100~1000

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[NAMD] 求助Zn-Azurin金属蛋白参数文件