orca势能面扫描时未写入单点能

渡边京介 · 发表于 Post on 2023-11-17 20:54:43

orca在势能面扫描的时候顺便计算了单点能，而且.out文件也说把单点能结果和coordinate一起输出到了.allxyz中，但是文件中并没有能量，这是啥情况啊

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2023-11-18 11:14:31

不是很理解为什么执着于要在轨迹文件里读能量，但.xyzall和.allxyz显然不会是一个文件

渡边京介 · 发表于 Post on 2023-11-18 12:34:43

啊不错的飞过海发表于 2023-11-18 11:14
不是很理解为什么执着于要在轨迹文件里读能量，但.xyzall和.allxyz显然不会是一个文件

因为有一位老师写了一个程序可以很方便的把二面角参数拟合好加到top文件中，输入文件就是要单点能加轨迹文件，目录下只有allxyz文件，我昨天也发现了，可能是跑完才会给xyzall？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-19 02:55:07

渡边京介发表于 2023-11-18 05:34
因为有一位老师写了一个程序可以很方便的把二面角参数拟合好加到top文件中，输入文件就是要单点能加轨迹 ...

你用的提交任务的脚本，是不是把输入文件拷到另一个地方、跑完了再把输出的文件拷回来的？

渡边京介 · 发表于 Post on 2023-11-19 21:19:24

wzkchem5 发表于 2023-11-19 02:55
你用的提交任务的脚本，是不是把输入文件拷到另一个地方、跑完了再把输出的文件拷回来的？

不是脚本任务，是在自己的工作站上跑的

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