求助，关于小分子晶体的建模及模拟

faraway

各位老师好，我是最近接触分子动力学模拟的小白，起因是我看到一篇文献（Chem. Sci., 2021,12, 6518-6525）想学习他的方法，双组分有机室温磷光材料方向的，他在研究过程中用GROMACS软件对掺杂体系进行了MD模拟，在建模过程中他在host晶体中删除了两个host分子并插入了guest分子。


目前对于我的体系，我对host分子和guest分子都进行了处理，通过sobtop得到了itp文件。那么后面我应该如何构建掺杂体系的模型。

sobereva

VMD载入原晶体的gro文件（Multiwfn载入cif，之后主功能100的子功能2可以导出gro格式），保存新的gro文件时用恰当的选择语句扣除两个分子。然后VMD再载入保存出的这个体系，也同时载入sobtop产生的小分子的gro文件，在VMD里把小分子分别挪到合适的位置，之后保存这个分子成为gro文件，最后自行把两个gro文件合并到一起。